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基因组学、转录组学
基因组学、转录组学
基因的结构分析-1
张百芳
主要内容
1 基因组学
2 转录组学
3 基因调控序列的结构分析
4 基因编码区的结构分析
基因组——一个细胞或生物体中,一套完整单倍体的
遗传物质的总和。
不同生物基因组的大小和复杂程度各不相同;
基因组的功能:贮存和表达遗传信息。
不同生物基因组蕴含遗传信息量有差别。病毒细菌真核生物
基因组中不同的区域具有不同的功能:
有些区域编码蛋白质的结构基因
有些区域复制及转录的调控信号
有些区域的功能尚不清楚
基因组学
基因组学是研究基因组的科学
背景:1985年提出,1990年开始实施人类基因组计划
(Human Genome Project, HGP),产生基因组学。
概念:以分子生物学技术、计算机技术和信息网络技术为
研究手段,以生物体内全部基因为研究对象,在全基因背
景下和整体水平上探索生命活动的内在规律及其内外环境
影响机制的科学。
目的:阐明基因组结构、结构与功能的关系以及基因与基
因之间的相互作用。
分类: 结构基因组学 肿瘤基因组学
植物基因组学
功能基因组学 药物基因组学
比较基因组学 环境基因组学
一、基因组学研究内容
(一)结构基因组学
遗传图谱
以全基因组测序为目标的基因结构研究,
物理图谱
弄清基因组中全部基因的位置和结构,
为基因功能的研究奠定基础。 转录图谱
序列图谱
遗传图谱(genetic map )
——孟德尔的“新生”
指基因或DNA标记在染色体上的相对位置与遗传距离。是
以DNA 多态性遗传标记为界标,以遗传学距离 (在减数分
裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率,1% 的重
组率称为1厘摩/cM )为图距的基因组图。
人类单倍体基因组
绘制遗传图谱的三个阶段
限制性片段长度多态性(restriction fragment length
polymorphism, RFLP) :
较为粗略,分辨率2-5cM
短串联重复序列STR (short tandem repeat):
分辨率1.6cM
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)
物理图谱(physical map)- 路标与路轨
表示基因组中不同基因或DNA标记之间的实际距离。以定位
的序列标记位点STS作为路标,以DNA实际长度即bp 、kb 、
Mb (百万碱基对)为图距的基因组图谱。是进行DNA序列
分析和基因组织结构研究的基础。
物理图谱首先是利用限制性内切酶将染色体切成片段,再根据重叠
序列把片段连接成染色体,确定遗传标志之间的物理距离。
作图标志是已知序列的DNA片段,称为STS (sequence tagged site)。
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