刺叶苏铁EST序列中SSR信息研究.doc

刺叶苏铁EST序列中SSR信息研究摘要基于NCBI数据库中刺叶苏铁的21 997条EST序列，统计分析了其EST-SSR的组成与分布特点。经过剔除冗余和低质量序列后，得到长度为7 926 783 bp的无冗余EST序列13 640条。在这些序列中共搜索出了875条EST序列含有1 176个SSR，出现频率为8.6%。这些SSR的主要重复基序有A/T，C/G，AC/GT，AG/CT，AT/AT，CG/CG，AAC/GTT，AAG/CTT，AAT/ATT，ACC/GGT，ACG/CGT，AGC/CTG，AGG/CCT，ATC/ATG，AAAT/ATTT，AAGG/CCTT，AATT/AATT，ACAT/ATGT和AAACCC/GGGTTT。一、二、三核苷酸重复类型是主体，三者共占总数的99.1%。A/T、AT/AT、AG/CT、AAG/CTT和AAT/ATT分别是其优势重复基元，分别占总数的41.7%、11.5%、11.9%、2.6% 和2.5%。该研究为刺叶苏铁EST-SSR标记的开发与应用奠定了基础。 关键词刺叶苏铁；EST；SSR 中图分类号 S791.11；Q524 文献标识码A文章编号 1007-5739（2012）08-0044-02 简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）是由核苷酸重复基元串联组成的高度重复序列，广泛存在于真核生物基因组的编码区和非编码区。分子标记SSR具有共显性、多态性高和重复性好的特点[1]，广泛应用于物种鉴定、遗传连锁图谱的构建和种质资源遗传多样性等研究中。但SSR没有物种之间广泛通用的引物，而基因组SSR引物的开发需要构建DNA文库，SSR克隆筛选和测序以弄清楚SSR两端的DNA序列信息。这一过程费时耗力，成本也很高。 表达序列标签（expressed sequence tags，ESTs）是在生物体特定时空表达基因的一段cDNA序列总和，其长度一般为150～500 bp。EST中7%～10%的序列含有可用于建立标记的SSR[2]。因此，日益快速增加的EST信息成为开发SSR的重要资源。与基因组SSR相比，EST-SSR标记由于源自基因的转录序列，可直接用于基因作图和基因发掘，同时还具有信息量大、近缘物种之间通用性好、开发简捷等优点，是目前一种主要的功能性分子标记。 苏铁是最古老、最原始的现存种子植物。其历经了2亿多年的沧桑演化，蕴涵着丰富的遗传变异信息。这对研究古生物学、古气候学和古地理学以及种子植物的起源与早期演化都具有重要价值[3-4]。同时，苏铁植物是一种人们十分喜爱的观赏园林植物，其树形优美，羽叶宛如孔雀开屏，且四季长青。近几十年来，因为生境的丧失和过度采挖，野生苏铁植物急剧减少，日益变得稀有、濒危，甚至面临灭绝的危险。因此，世界保护联盟（IUCN）的《世界野生植物濒危物种红皮书》把苏铁誉为“植物界的大熊猫”，将其所有物种列为重点保护对象。刺叶苏铁（Cycas rumphii Miq.）自然分布于巴布亚新几内亚、印度尼西亚与斐济等局部地区，但在我国华南地区亦能见到这个珍稀物种，或为植物园的迁地保护对象，或为家庭庭院的观赏植物。可能是因为引入的历史比较久远，我国华南地区的人们习惯地称之为“华南苏铁”。 该文对美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库中刺叶苏铁的21 997条EST-SSR信息（截至2012年2月）进行发掘和比较，对其组成和分布特点进行统计和分析，并对其多态性潜能进行前瞻性评价，为刺叶苏铁 EST-SSR分子标记的开发与应用，及开展相关分子遗传学研究奠定了基础。 1材料与方法 1.1刺叶苏铁EST序列来源与前处理 首先，以FASTA格式从NCBI下载刺叶苏铁的EST序列。然后利用EST-trimmer软件（http：//www.pgrc.ipk-gather sleben.de/misa/download/ est-trimmer.pl）先除去EST序列5端或3端前50 bp内重复次数至少为5次的poly T或 poly A；然后筛去长度小于100 bp的EST序列；再对长度大于700 bp的EST序列进行修剪，仅保留5端前700 bp的序列，以减少测序产生的错误。再利用CD-HIT程序（序列一致度阈值设立为90%）除去EST中的冗余序列。 1.2刺叶苏铁 EST-SSR的发掘 利用MISA（MIcroSAtellite）软件从经过预处理后的EST序列中搜索SSR。重复基元长度设置为1~6 bp。筛选标准设置为一核苷酸重复的次数≥10次，二至六核苷酸重复的次数≥5次，同时筛选并记录间隔区≤100 bp的复合SSR。 1.3刺叶苏铁EST-SSR重复基元的分析统计