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如何用NTsys构建01数据(AFLP)进化树
NTSYS-PC使用说明
NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析FLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。下面简单介绍一下其用法：
先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=表示FLP样本数， C1=表示有个带型，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示带型名称。见下图：”“Qualitative date”在“input file”中选择刚才保存的.txt文件，在“output file”中输入保存文件名。“Byrows”一项不选×，“coefficient”中选择J，点compute进行运算。
4．点软件左边第二项选择“SAHN”在“input file”中选择上一步运算出来的文件在“output tree file”中输入保存文件名。点compute进行运算。
5.选择左边第二项中的“Cophenetic Values”在“input tree file”中选择刚才计算的tree文件，输入output的文件名，点compute进行计算。
6.作Mat检测：点击左面第三项，选择“Matrix comparison plot”在“input file(1)”中选择“Qualitative date”计算出的结果，在 “input file(2)”中选择“Cophenetic Valuess”计算出的结果。点击compute进行计算，r值在0.7以上为可信。
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