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6 生 物 工 程 学 报 苏晓泉 等/Meta-Mesh— 元基因组数据分析系统 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn January 25, 2014, 30(1): 6−17 DOI: 10.13345/j.cjb.130429 ©2014 Chin J Biotech, All rights reserved 生物信息学与计算生物学 Meta-Mesh 苏晓泉，宋宝兴，王雪涛，马新乐，徐健，宁康 266101 , , , . Meta-Mesh. , 2014, 30(1): 6−17. Su XQ, Song BX, Wang XT, et al. Meta-Mesh: metagenomic data analysis system. Chin J Biotech, 2014, 30(1): 6−17. 摘 要: 随着元基因组数据的不断增多，建立一个包含高品质的元基因组样本 (也称为“微生物群落”) 数据的 集成化的分析平台成为可能，使得微生物群落样本能够被有效分析、比较与搜索，从中发现更加深入的生物学 意义。然而，一方面目前大部分元基因组数据库仅仅提供了简单的数据存储，缺乏良好的样本注释或者仅仅提 供了很少的分析功能。另一方面，用于计算微生物群落数据相似性的方法所能够接受的样本数据量非常有限。 长期以来，科学家们一直在寻找有效的方法计算海量微生物群落之间的相似性，从而研究样本之间的相似度并 发现元基因组数据信息的相关性。Meta-Mesh 是一个全新的在线元基因组分析系统，它包括元基因组数据库和 分析平台，可以对元基因组样本进行系统、有效地分析，并实现样本的群落结构比较和精确搜索。其中，元基 因组数据库已经从公共领域和内部实验室收集了超过7 000 个高品质、带有有效注释的样本。同时，Meta-Mesh 的分析平台提供了多种在线分析工具，可以对元基因组样本进行群落的结构分析与注释，多角度比较，并能通 过快速索引策略和群落结构相似性算法在数据库中高效搜索近似的样本。Meta-Mesh 通过“人体微生物群落样 本的数据库搜索识别” 以及“基于相似度矩阵的样本的聚类”等一系列的元基因组研究案例证明了其分析方面的 性能。作为一个在线的元基因组数据库和分析系统，Meta-Mesh 将服务于元基因组样本的快速分析、识别、比 对、搜索等相关领域。 : 微生物群落，元基因组，数据库，数据挖掘，在线服务，相似性网络 Received: August 22, 2013; Accepted: November 21, 2013 Supported by: Chinese Academy of Science e-Science Program (No. INFO-115-D01-Z006), National High Technology Research and Development Program of China (863 Program) (Nos. 2009AA02Z310, 2012AA02A707, 2014AA021502), National Natural Science Foundation of China (Nos.. Corresponding author: Kang Ning. Tel: +86-532 E-mail: ningkang@ 中国科学院e-Science 项目 (No. INFO-115-D01-Z006) ，国家高技术研究发展计划 (863 计划) (Nos. 2009AA02Z310, 2012AA02A707,