chapter 1 第一节1、生物分子中的化学键.pptVIP

生物分子的相互作用 生物分子的相互作用类型 共价键 静电相互作用 范德华力 氢键 疏水作用 1.1　共价键 成键能力 ψ在极坐标下的极大值，以 f 表示 s，p，d 的相对成键能力 成键能力大的轨道形成的共价键牢固，因此， p-p成键s-s成键 1.2 非键相互作用 静电相互作用 范德华力 氢键 疏水作用 1.2.1 库仑相互作用 电荷-电荷 电荷-偶极子 偶极子-偶极子 电荷-诱导偶极子 偶极子-诱导偶极子 1.2.2 范德华力 范德华力的本质 硬脂酸钠微团 两条CH链的总作用能 通常可以达到 28 - 85 kJ/mol 相当可观 1.2.3 氢键 氢键的本质 电荷相互作用 电负性 : X, Y电负性要求大 方向性： 分子力场形式 1.2.4 疏水作用 水的退出有利于底物和受体结合 乙酰胆碱脂酶对Ach水解包含了各种相互作用 分子动力学 MD法原理 将微观粒子视为经典粒子，服从 Newton 第二定律 粒子 i 在时间 ?t 内的位移 ?ri “The more complex the system, the weaker are the forces that govern its behavior” - J. R. Platt 生物分子的相互作用类型 重点 疏水作用 定义 FIGURE 2–2 Hydrogen bonding in ice. In ice, each water molecule forms the maximum of four hydrogen bonds, creating a regular crystal lattice. By contrast, in liquid water at room temperature and atmospheric pressure, each water molecule hydrogen-bonds with an average of 3.4 other water molecules. This crystal lattice of ice makes it less dense than liquid water, and thus ice floats on liquid water. FIGURE 2–8 Release of ordered water favors formation of an enzyme-substrate complex. While separate, both enzyme and substrate force neighboring water molecules into an ordered shell. Binding of substrate to enzyme releases some of the ordered water, and the resulting increase in entropy provides a thermodynamic push toward formation of the enzyme-substrate complex. 冰为何浮在水上？ Fig. 2-5 V(r) = A/r12 - C/r10 氢键对物质性质的影响： 1) 对熔点、沸点的影响 冰是氢键型晶体中最典型的例子。冰的升华热为51kJ/mol，其中3/4破坏氢键所需的能量，1/4是克服H2O分子间范德华力所需的能量。氢键形成的多，物质的熔点和沸点就高。 2)对溶解度的影响 如果溶质分子与溶剂分子间能形成氢键，将有利于溶质分子的溶解。 氢键对物质性质的影响： 3)对生物分子结构的影响 氢键对物质性质的影响： 氢键较弱，在40kJ/mol以下，共价键数百kJ/mol。但它们数量大，在蛋白、核酸结构方面都有极其重要的意义。 盐键 (离子键） 氢键 二硫键 疏水键 氢键 氢键 疏水键 维系和稳定蛋白质结构的作用力 核糖体 ATP合成酶 若各粒子的瞬时受力已知，可用数值积分求出运动的经典轨迹 在合适选定的时间步长 ?t 内，粒子可视作匀加速运动 加速度： 位 移： 步长取值： ?t＝0.001~0.002 ps * 较强 较弱 Forces: 核间力 原子力 共价鍵 非共价鍵 重力 _