植物ICE蛋白基因家族的系统进化分析-江苏农业科学.PDF

— ４２— 江苏农业科学　２０１６年第４４卷第２期 陈　露，杨立明，罗玉明．植物ＩＣＥ蛋白基因家族的系统进化分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０１６，４４（２）：４２－４７． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１６．０２．０１１ 植物ＩＣＥ蛋白基因家族的系统进化分析 １，２ ２ １，２ 陈　露 ，杨立明 ，罗玉明 （１．南京师范大学生命科学学院，江苏南京２１００４６； ２．淮阴师范学院生命科学学院／江苏省环洪泽湖生态农业生物技术重点实验室，江苏淮安２２３３００） 　　摘要：ＩＣＥ是植物体内的一类ｂＨＬＨ转录因子，在植物低温胁迫中发挥重要作用。本研究利用来自不同物种包括 苔藓、蕨类、裸子、被子植物的ＩＣＥ蛋白序列，用ＣｌｕｓｔａｌＸ程序对其氨基酸序列进行比对，并用邻近法构建系统进化树， 进一步了解ＩＣＥ家族在植物界的分子进化情况。结果表明，ＩＣＥ蛋白家族基本上按苔藓、蕨类、裸子、单子叶和双子叶植 物而分别聚类，尽管不同来源的ＩＣＥ序列有一定差异，但ＨＬＨ结构域在各植物物种中具有很好的保守性，这说明ＩＣＥ蛋 白在进化上具有保守性；被子植物的ＩＣＥ形成不同的分支，单子叶植物和双子叶植物原始的ＩＣＥ蛋白有可能不同。 　　关键词：植物；ＩＣＥ；序列比对；系统进化分析 　　中图分类号：Ｑ９４３．２　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１６）０２－００４２－０６ 　　ＩＣＥ（ｉｎｄｕｃｅｒｏｆＣＢＦｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）是ＣＢＦ［Ｃ－ｒｅｐｅａｔ－ｂｉｎｄ 鉴于ＩＣＥ在植物低温抗性中的重要作用，本研究通过对 ｉｎｇｆａｃｔｏｒｓ，又称 ＤＲＥＢｓ（ｄｅｈｙｂｒａｔｉｏｎｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｅｌｅｍｅｎｔｆａｃ 来源于植物的ＩＣＥ蛋白进行同源比对，分析系统发生关系，拟 ｔｏｒｓ）］冷响应通道的上游调控因子，目前主要在拟南芥中发 找出ＩＣＥ基因在植物界的系统进化关系，为研究该基因的功 现ＩＣＥ１和ＩＣＥ２这２种ＩＣＥ基因。ＩＣＥ一般为组成型表达， 能进化提供参考。 常温下没有活性，低温诱导可使ＩＣＥ１成活性状态，编码一个 １　材料与方法 类似ＭＹＣ的螺旋－环－螺旋型（ｂＨＬＨ）转录激活因子，诱导 ＣＢＦ基因的表达，从而提高植物的抗寒性，在转基因植株生 １．１　序列信息的获取与筛选 ［１］ 长发育过程中没有异常表现 。研究表明，ＩＣＥ２可以直接影 为获得ＩＣＥ家族的各成员，分别以拟南芥ＩＣＥ基因的蛋 响ＣＢＦ１基因的表达，将ＩＣＥ２基因转入拟南芥发现，拟南芥 白质序列ＡｔＩＣＥ１、ＡｔＩＣＥ２，使用 Ｂｌａｓｔｐ程序搜索绿色植物数 体内ＣＢＦ１基因表达量明显上升，转基因拟南芥可在－２０℃ 据（ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｂｅ－ｍｄ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉ），ｄａｔａ ［２－３］ 环境下正常生长 。由此可见，ＩＣＥ在植物低温抗性中有 ｂａｓｅ选择为ｎｏｎ－ｒｅｄｕｎｄａｎｔｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ（ｎｒ），ｏｒｇａｎｉｓｍ 着重要的作用。有研究证明，ＩＣＥ１－ＣＢＦ转录级联反应在植 选择为ｐｌａｎｔｓ（ｔａｘｉｄ：３１９３），ｍａｘｔａｒｇｅｔｓｅｑｕｅｎｃｅｓ设置为２５０， ［４］ 物响应低温胁迫过程中发挥着至关重要的作用 。 其余均为默认参数。对获得的搜索结果用 Ｐｆａｍ（ｈｔｔｐ：／／ 目前，依赖ＣＢＦ的信号转导通路被视为植物低温胁迫应 ｐｆａｍ．ｘｆａｍ．ｏｒｇ／）进行分析，把具有与拟南芥 ＩＣＥ基本结构特 ［４－７