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生物信息学-序列比对-实验报告
南方医科大学实验报告
姓 名
学 号
专业年级
基础学院生物信息学教研室
题 目 序列比对 日 期 实验者
实验目的
掌握BLAST 2的使用和功能
了解点阵法进行双序列比对的优点
实验器材
电脑
方法与步骤
见下文
结果与讨论
1，例题中其它的最佳比对结果
2，用动态规划法找出两序列的所有最佳比对，要求写出详细过程。打分矩阵采用{（4，－3，－4}，即匹配得4分，不匹配得－3分，空位得－4分。序列1：AAAG，序列2：ACG 。
（1）给动态规划矩阵赋初值
0
A
A
A
G
0
0
-4
-8
-12
-16
A
-4
C
-8
G
-12
（2）按照最优分的递归算法填充动态规划矩阵
0
A
A
A
G
0
0
-4
-8
-12
-16
A
-4
4
0
-4
-8
C
-8
0
1
-3
-7
G
-12
-4
-3
2
1
（3）从最后一个单元格开始，回溯最优化比对路径
1，利用BLAST 2进行双序列比对。
RBP4在人体的旁系同源蛋白：RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）进行两两比对，并得到各自的核酸序列进行两两比对。
比对全部采用默认参数。
结果用截图。
没有显著相似的注明 “ No significant similarity found ”即可。
2，双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ），并对各自核酸进行两两比对。
1
RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638）
RBP4（NP_006735），前列腺素D2合成酶（NP_000945）
载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）
双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ）。
3，点阵法
序列1自身比对
1 AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT
61 GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT
121 GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC
序列2与序列3比对：两者为反向互补序列，可以发现可能的发夹状结构。
序列2：GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG
序列3：CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC
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