无序蛋白DSS1扮演多功能角色的构象和动力学特征分析研究.pdf

目录 中文摘要 I ABSTRACTIII 第一章 文献综述1 1.1 无序蛋白DSS1 简介 1 1.2 无序蛋白DSS1 与PCID2 的结合2 1.3 无序蛋白DSS1 与BRCA2 的结合4 1.4 本文的研究内容 5 第二章 分子动力学模拟7 2.1 分子动力学模拟简介 7 2.2 数据分析方法 8 2.2.1 主成分分析（Principal Component Analysis, PCA ） 8 2.2.2 残基对的自由能分解8 2.2.3 二级结构分析8 2.2.4 三级结构分析9 第三章 无序蛋白DSS1 对PCID2 构象稳定性的影响 10 3.1 模拟方法 10 3.2 体系收敛情况 11 3.3 体系结构稳定性 11 3.3.1 PCID2 总体构象变化 14 3.3.2 二级结构形成情况15 3.3.3 DSS1 与PCID2 的结合情况 18 3.4 本章小结20 第四章 无序蛋白DSS1 对BRCA2 构象稳定性的影响 21 4.1 模拟方法21 4.2 体系收敛情况22 4.3 结合对无序蛋白DSS1 二级结构的影响22 4.3.1 DSS1 结构的稳定性 22 4.3.2 BRCA2 对DSS1 蛋白构象的影响 23 4.4 DSS1 对BRCA2 蛋白结构稳定性的影响24 4.5 本章小结26 第五章 总结及展望27 参考文献29 攻读硕士学位期间发表的学术论文34 致 谢35 无序蛋白DSS1扮演多功能角色的构象和动力学特征研 中文摘要 无序蛋白DSS1 是哺乳动物中与癌症密切相关的蛋白，在多种复合物中作为分子粘 TREX-2 DSS1 PCID2 mRNA 合剂发挥作用。在复合物 中， 与 结合参与 的转录输出，与 BRCA2 DSS1 PCID2 BRCA2 结合在同源重组修复中发挥重要作用。 与 和 这两种不同的 蛋白结合时展现出不同的构象，并对这两种蛋白的稳定性产生影响。到目前为止，在原 子层面对于固有无序蛋白DSS1 与不同蛋白结合机制尚未得到全面的系统的解答。研究 无序蛋白DSS1 对PCID2 及BRCA2 构象的影响，不仅可以比较与不同蛋白结合时无序 蛋白DSS1 构象的变化，而且在理解DSS1 如何行使功能上也具有重要的意义。 分子动力学模拟是一种广泛应用于生物大分子的研究方法，在研究固有无序蛋白方 面具有重要实践意义。本论文利用分子动力学模拟的方法，通过对二级结构、三级结构， 各体系的主成分，结合自由能等方面研究无序蛋白DSS1 对蛋白PCID2 、BRCA2 构象 变化以及构象稳定性的影响。具体结果如下： 1. 无序蛋白DSS1 在复合物TREX-2 中对蛋白PCID2 稳定性的影响。单体蛋白 apo-PCID2 局部区域不稳定，特别是apo-PCID2 蛋白中的螺旋Ⅳ和螺旋Ⅷ。当DSS1 的 螺旋结合在apo-PCID2 的螺旋Ⅳ和螺旋Ⅷ之间的裂缝时，螺旋Ⅷ和DSS1 蛋白的螺旋变 得更稳定，进而引起DSS1 的无规卷曲部分变成更规则的二级结构。DSS1 与PCID2 之 间的结合自由能分析表明由七个残基形成了疏水核心是DSS 1 蛋白与PCID2 结合的关键 作用。静电相互作用在PCID2 与DSS1 之间的相互作用中也起主导作用。这些结果与实 验数据一致。模拟的结果表明，无序蛋白DSS1 使PCID2 变得更稳定。 2. 无序蛋白DSS1 对BRCA2 蛋白的螺旋（HD ）结构域稳定性产生影响。DSS1 与 BRCA2 蛋白结合后，使无序蛋白DSS1 更倾向于形成稳定的二级结构。而结合后BRCA2 蛋白的螺旋结构域形成氢键的数目增加， HD 结