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谷氨酰胺对兔精液获能的影响及其获能相关基因的表达 1、相关定义 1.1、蛋白质组学概念及概况 Marc Wilkins 在 1995 年提出蛋白质组学的概念。蛋白质组学(又名后基因组学) 是指基因组内所有 DNA 和 RNA 表达的全套蛋白质。对于不同生物而言,其蛋白质组中 所表达的蛋白质数量是不相同的,但都是指其自身所包含的全套蛋白质。蛋白质组本质 上是针对蛋白质的表达水平、翻译水平、翻译后修饰水平、互作水平等(Koller A et 14 al.2002 )方面的大规模研究,由此以获得治疗疾病、了解代谢过程的目的。 早在 20 世纪 80 年代就有科学家提出了类似于蛋白质组的计划,当时被称作是人类 蛋白质组索引计划,目的是分析细胞内蛋白质的功能及其结构,但是由于种种其他原因, 该计划被迫终止。到了 90 年代初,随着科学技术的发展,各种实验技术条件和经济实 力都有了长足的发展的情况下,于 1994 年蛋白质组的概念在经过多国科学界的讨论后, 第一次被正式提出(Tsugita A et al. 1994)。 国际蛋白质组的研究速度比较迅猛,既有理论研究层面上的又有蛋白质研究技术层 面的。在短时间内,相当多的蛋白质研究中心或蛋白信息数据库就已经建立,随着国际 互联网的发展,相关的蛋白质信息库网站也大量出现。1996 年,世界上第一个蛋白质组 研究中心在澳大利亚落成 Australia Proteome Analysis Facility ( APAF )。随后,丹麦、日 本、俄罗斯、英国、德国、日本、中国、加拿大等都成立了蛋白质研究中心。在美国, 蛋白质研究更是阵容庞大,各大型生物企业在巨大的财力的支持下,也均加入了该研究 行列。近年来,瑞士也成立由建立”SWISSPROT” 蛋白质组数据库的研究人员成立的 GeneProt 公司,该公司主要是研发新药物靶标,并且建立了配备有上百台质谱仪的技术 研发平台。同年,美国首次提出 Human Protein Index 的科学家 Normsn G. Anderson 为了 实现自己的研究梦想,也成立了相关的蛋白质研究公司。随后,在美国的提议,各国的 赞同声下,国际人类蛋白质组研究组织(Human Proteome Organization, HUPO)于 2001 年 4 月成立,其目的是融合各方面的力量来研究和完成人类蛋白质组计划(Human Proteome Project)。 功能基因组学的研究是目前生命科学研究的主要对象,其主要包括两个研究方面: 基因组研究和蛋白质组研究。这几方面的研究标志着人类生命科学的研究已经进入了后 基因组时代。目前,已有很多物种的基因组已经被测序,但是这些基因序列的所转录和 翻译的蛋白质及其自身编码的基因有几乎一半以上的功能是未知的。对于功能基因组的 研究,大都是从 mRNA 的表达水平考虑,前提是该 mRNA 均能翻译出相应的蛋白质, 主要采用基因表达序列分析(Serial analysis of gene expression, SAGE)和基因芯片技 术。但是事实并不是想象的那么简单,从 DNA 到 mRNA 再到蛋白质是一系列复杂的生 物学调控机制完成的。其中存在转录水平调控(Transcriptional control ),翻译水平调 控(Translational control),翻译后水平调控(Post-translational control )等(Unlu M et al.1997;van Wijk K. et al.2000;Vensel W et al.2005;Von Wiren N et al.1997;Wen L et al.2006;Bradford M et al.1976)。但仅仅从 mRNA 角度去考虑问题,是不完全的, 它只仅仅代表了转录水平的调控,不能全面的代表蛋白质水平的表达。在后续的 相关研究中也能证明这一点,在细胞组织中,其 mRNA 的丰度不一定能和该蛋白 质的丰度相关性好,最能体现这一点的就是一些低丰度蛋白,其相关性更差。在 细胞内,一些蛋白质要起到调节生化反应进程的作用,则必须经过蛋白质翻译后 修饰或蛋白质-蛋白质互作反应才可以,这些都无法从 mRNA 的水平来进行判断。 15 蛋白质是生理功能和生命现象的体现者,对于蛋白质功能和结构的研究将直接关 系到生命存在机理或相关病理变化机制的研究,蛋白质有着自身复杂的编码和活 动规律,首先是氨基酸序列,再次是蛋白质的二级空间结构甚至三级结构等(Zuo S et al.2000;Gorg A et al.1999;李伯良等 1999)。在此基础之上,还有蛋白质翻译后 修饰,蛋白互作及空间构象问题都会依赖蛋白质组的研究来揭示出来。 因此,要想深入的研究