针对蛋白质复合体检测的自学习图聚类.PDFVIP

第34 卷第6 期 控制 理 论 与 应 用 Vol. 34 No. 6 2017 年6 月 Control Theory Applications Jun. 2017 DOI: 10.7641/CTA.2017.60581 针针针对对对蛋蛋蛋白白白质质质复复复合合合体体体检检检测测测的的的自自自学学学习习习图图图聚聚聚类类类 朱 佳 , 武兴成 , 林雪琴 , 肖丹阳, 肖 菁, 黄 晋 , 贺超波 (1. 华南师范大学计算机学院, 广东广州510631; 2. 仲恺农业工程学院信息科学与技术学院, 广东广州510225) 摘要: 蛋白质复合体是由两条或多条相关联的多肽链组成, 在生物过程中起着重要作用. 假如用图表示蛋白质–蛋白 质相互作用(protein-protein interactions, PPI)网络数据, 那么从中找出紧密耦合的蛋白质复合体是非常困难的, 特别是 在近年来PPI 网络的容量大大增加的情况下. 在本文中, 通过对称非负矩阵分解, 针对蛋白质复合体检测问题提出了一 种图聚类方法, 该方法可以有效地从复杂网络中检测密集的连通子图. 并且将此方法和当前最先进的一些方法 在3个PPI数据集中用同一个基准进行比较. 实验结果表明, 本文的方法在3个拥有不同大小和密度的数据集中均显著优 于其它方法. 关键词: 图聚类; 蛋白质复合体; 非负矩阵分解 中图分类号: TP273 文献标识码: A A self-learning graph clustering approach for protein complexes detection ZHU Jia , WU Xing-cheng , LIN Xue-qin , XIAO Dan-yang , XIAO Jing , HUANG Jin , HE Chao-bo (1. School of Computer Science, South China Normal University, Guangzhou Guangdong 510631, China; 2. School of Information Science and Technology, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, Guangzhou Guangdong 510225, China) Abstract: Protein complex is a group of two or