基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法3.pdfVIP

第 16 卷 第 2 期 化　学　进　展 Vol. 16 No. 2 2004 年 3 月 PROGRESS IN CHEMISTRY 　Mar. , 2004 基于分子动力学模拟和连续介质模型的 自由能计算方法3 侯廷军　徐筱杰3 3 (北京大学化学与分子工程学院 　北京 100871) 摘 　要 　近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中 ( ) MMPPBSA 就是最具代表性的方法。在 MMPPBSA 中 ,体系的焓变采用分子力学 MM 的方法计算得到;溶剂 效应中极性部分对自由能的贡献通过解 Poisson2Boltzmann (PB) 方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分 ( ) 对自由能的贡献则通过分子表面积 SA 计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年 MMPPBSA 方法 的最新进展做了较为详细的阐述 , 同时对MMPPBSA 的发展前景进行了展望。 关键词 　自由能 　MMPPBSA 　连续介质模型 ( ) 中图分类号:O643. 1 ; TP391 　文献标识码 : A 　文章编号 : 2004 0220153206 Calculations of Free Energies Based on the Combination of Molecular Dynamics Simulations and Continuum Solvation Model 3 3 Hou Tingjun 　 Xu Xiaojie (College of Chemistry and Molecular Engineering , Peking University , Beijing 100871 , China) Abstract 　In recent years , the methods of calculating free energies based on the combination of molecular dynamics simulations and continuum solvation models have drawn more and more attention , in which MMPPBSA is the most repre2 sentational one. In MMPPBSA , the sum of molecular mechanical energies of the molecules is calculated from molecular mechanics (MM) ; the polar solvation energy in continuum solvent is usually computed using a finite2difference Poisson2 Bo