表达序列标签(EST) 分析方法及在植物抗病研究中的应用.pdfVIP

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2017-10-12 发布于福建
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表达序列标签(EST) 分析方法及在植物抗病研究中的应用.pdf

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中国农学通报 2010,26(8):56-62 Chinese Agricultural Science Bulletin 表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用 1,2,3 2 2 2 吕桂云，张海英，郭绍贵，许勇 1 2 （中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京 100081；国家蔬菜工程技术研究中心，北京 100097； 3 河北农业大学园艺学院，河北保定 071001）摘要：在国际最大公共数据库GenBank 的dbEST 数据库中收录了大量各种生物的ESTs ，这些大量的 EST 序列对发现、克隆和定位新基因，构建遗传图谱，开发分子标记，研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST 数据资源所蕴含的生物学信息，掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST 数据分析软件，系统地简述了EST 的序列分析方法，主要包括EST 的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类，指出应根据EST 数据的特征来选择合适的序列分析软件，并阐释EST 技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。关键词：表达序列标签；序列拼接；功能注释；应用中图分类号：S188；S432 文献标志码：A 论文编号：2009-1924 The Analysis Method of Expressed Sequence Tags (EST) and its Application in Plant Resistance Research 1,2,3 2 2 2 Lü Guiyun , Zhang Haiying , Guo Shaogui , Xu Yong 1 ( InstituteofVegetablesandFlowers,ChineseAcademyofAgriculturalSciences, Beijing 100081; 2 3 NationalEngineeringResearchCenterforVegetable, Beijing 100097; HebeiAgriculturalUniversity, Baoding Hebei 071001) Abstract: A large number of all kinds ’organisms EST are collected in dbEST. ESTs is applied in many fields, such as identification and discovery of new gene, electronic cloning, construction of genetic map, molecular marker, research of differential expression of gene, function and interaction of gene. In order to mine biological info