中华鲟野生群体及迁地群体的MHCⅠa基因遗传多样性变异研究.docVIP

中华鲟野生群体及迁地群体的MHCⅠa基因遗传多样性变异研究 　　摘要：利用特异性引物MHCⅠf和MHCⅠr，分别从30尾野生中华鲟（Acipenser sinensis）、30尾中华鲟子一代和30尾中华鲟子二代的基因组DNA中扩增MHCⅠa基因的多肽结合位点（PBR）片段，扩增产物长度为127 bp。中华鲟野生群体30个样品265个有效克隆中共检测出50条特异序列（单倍型），中华鲟子一代群体30个样品的278个有效克隆中共检测出66条特异序列（单倍型），中华鲟子二代群体30个样品的257个克隆中检测出64条特异序列（单倍型）。单倍型Acsi-UAB*0101在3个群体中所占的百分比最高，分别为58.1%、38.8%和60.7%。单倍型分布及群体内遗传多样性参数分析表明，中华鲟子一代群体的MHC基因遗传多样性最丰富，野生中华鲟群体的MHCⅠa基因遗传多样性较低。中华鲟野生群体非同义替代与同义替代比率为1.33，分析表明正向选择可能是中华鲟MHCⅠa多态性的主要因素。该研究结果提供了中华鲟从野生群体到子二代群体MHCⅠa基因的部分遗传信息和遗传变异规律，为中华鲟全人工种群优化和繁殖管理提供理论依据。 　　关键词：中华鲟（Acipenser sinensis）；主要组织相容性复合体（MHC）；遗传多样性；遗传管理 　　中图分类号：S965.215；Q75 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2017）02-0306-08 　　中?A鲟（Acipenser sinensis）是中国特有的古老大型海河洄游性鱼类，目前已处于极度濒危状态。建立人工迁地种群是避免该物种在近期灭绝的一种方式，而人工群体往往面临家养化问题。主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex，MHC）是脊椎动物中与病原识别及防御、亲缘识别和婚配等适应性遗传密切相关的基因。MHC基因包括两个典型的亚类和非典型的基因类，即典型的Ⅰ类基因、Ⅱ 类基因和补体类细胞因子等Ⅲ类基因，Ⅰ类基因与识别和递承内源性抗原相关，主要识别病毒类抗原。MHC基因已成为近年来研究的热点基因，广泛用于疾病相关性、分子生态和进化、保护遗传、繁殖行为等研究领域[1-7]。 　　MHC Ⅰ类与MHC Ⅱ类基因家族中抗原结合区域（Peptide binding region，PBR）是其变异最高的区域。在种群遗传多样性研究中，通常采用检测PBR水平来评价群体的MHC遗传多态性水平。近年来，MHC基因多态性与鱼类抗病相关性也已有较多报道。截至目前，国内关于MHC基因多态性和不同的等位基因与鱼类的抗病力相关性研究主要集中在牙鲆[8-11]。Jia等[12]对德国镜鲤MHC Ⅰ、Ⅱ基因多态性也进行了研究。李雪松等[13]和赵雪锦等[14]对“全红”和“粉玉”体色瓯江彩鲤MHC基因多态性与抗病性的关系进行了初步研究。国外对此方面的研究则主要集中在少数几种鲑科鱼类：如虹鳟、大西洋鲑[15-20]。对于鲟形目鱼类，目前仅一篇报道有关中华鲟和匙吻鲟的MHC Ⅰ基因进化研究[21]，在GenBank中有大西洋鲟（Acipenser oxyrinchus）和欧洲大西洋鲟（Acipenser sturio）的两条MHC Ⅱ基因序列（GenBank序列号分别为AJ515709.1、AJ515708.1）以及西伯利亚鲟（Acipenser baerii）MHC Ⅱ 3条基因序列（JO288773.1、JO288774.1、JO288775.1），对中华鲟MHC基因遗传多样性相关的研究还未见报道。 　　本研究拟在MHC Ⅰa PBR座位上对野生中华鲟及蓄养在中国长江三峡集团公司中华鲟研究所人工繁殖的中华鲟子一代种群和子二代种群为研究对象，通过分离和筛选中华鲟MHC Ⅰa基因座位，对野生群体及人工繁殖的中华鲟子一代和子二代3个不同种群的MHC Ⅰa遗传变异水平和遗传结构及野生种群与人工繁殖种群的遗传变异差异进行了分析，为中华鲟全人工种群优化和繁殖管理提供科学的依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 试验材料 　　试验鱼来自中国长江三峡集团公司中华鲟研究所，16龄以上的中华鲟子一代30尾，亲本来源为1980～2000年的野生中华鲟；2009、2010和2011年从葛洲坝采集到的野生中华鲟鱼卵孵化的苗种各10尾，共计30尾；2011、2012、2013年中华鲟研究所全人工繁殖的子二代中华鲟幼苗各10尾，共计30尾。分别采集少量鳍条，用无水乙醇固定。 　　1.2 引物设计 　　根据Wang等[21]报道的中华鲟MHC Ⅰa基因cDNA序列，利用Primer6.0设计中华鲟MHC Ⅰa基因PBR区特异引物：MHCⅠf（5′-TTTGAGTCCCTTGAGGCG-3′）和