计算表观遗传学的兴起与发展.ppt

1. DNA的甲基化的预测 实验方法识别CpG岛 原理：基于CpG二核苷酸甲基化的缺失，利用Chip-seq试验测得低甲基化的区域。 基于互信息研究CpG岛和CpG聚类中相邻CpG的相互作用的程度的分布 研究的CpG岛和CpG聚类中相邻的CpG的累积互信息定量的区分CpG岛和CpG聚类 CpG_MI 具有最高的预测精度 组蛋白修饰和CpG岛的关系 识别哺乳动物CpG 岛 Results- iPS与ES Results-数据证实 我们通过两种方法证实这些数据。 第一：我们通过重亚硫酸盐测定9个DMRs，每个DMR测定2-6个CpG位点，来验证通过CHARM测得的甲基化结果；结果证实了由CHARM得到的差异甲基化数据(图)。 第二：我们通过芯片来进行全局的基因表达分析。结果发现:在TSS500bp范围内的R-DMRs的差异甲基化与其相应基因的差异表达之间有很强的负相关：超高甲基化和超低甲基化的区域的p均0.001.这种关系对TSS1kb范围内的R-DMRs仍存在，对超高甲基化和超低甲基化DMRs的p值分别为0.01和0.001（图）. 同时，这种关系在处于CpG岛边缘的DMRs中得到增强。 Results-R-DMRs区分成体组织与癌症组织 进一步，我们通过R-DMRs做了一个非监督聚类分析，来研究这些区域中的甲基化在多大程度上区分正常的脑、肝和脾（图）。 值得注意的是：这三种组织被完全正确分类，表明：在重编程发生甲基化改变的位点能够正常的区分三类不同的组织。 不仅如此，R-DMRs能够从结肠癌中区分大部分的正常结肠组织（图）。 作为一个重要的检验，从CHARM芯片中随机取4401个区域，这些区域与R-DMRs有相同的长度和数量，重复1000次，都不能正确分类三种组织。结肠癌与正常组织中也得到了相同的结果。 使用最新开发的可视化工具，所有数据都可以整合入Ensembl基因组浏览器，也是第一个整合进基因组浏览器的全基因组DNA甲基化数据。我们开发的整合系统包括最新开发的甲基化分析的贝叶斯工具（Batman），它能从MeDIP估计甲基化的绝对值。 A Bayesian deconvolution strategy for immunoprecipitation-based DNA methylome analysis. Nat. Biotechnol. 2008. 2. 组蛋白修饰的高通量分析 基于ChIP-seq数据HMM方法识别全基因组的差异组蛋白修饰位点 目的：表观遗传修饰是调控基因表达和基因组功能的一个主要因素。在不同的表观遗传修饰中，差异组蛋白修饰位点（DHMSs）是不同细胞类型、时期和环境影响时，表观遗传动态性质和基因表达调控的一个研究热点。为了测定全基因组的组蛋白修饰，ChIP-seq技术是一种有效的方法。因此，通过比较两个ChIP-seq文库可以识别潜在的DHMSs。 结果：我们的目的是识别DHMSs，提出一种称为ChIPDiff的方法来通过ChIP-seq测定的数据全基因组比对组蛋白修饰位点。基于观察的ChIP片段数，提出了一个隐马模型的方法推断每个基因组位置的组蛋白修饰变化状态。我们通过比对小鼠ESC和NPC细胞的H3K27me3修饰位点来评估ChIPDiff的效果。我们证明了此方法确定H3K27me3 的DHMSs具有高灵敏度，特异性和重复性。进一步应用ChIPDiff揭示不同细胞时期的差异H3K4me3和H3K36me3位点。我们研究中的比对有很多有趣的生物学发现。 Human Histone Modification Database MicroRNA数据库 1、miRNA数据库（miRBase） 2、miRNA基因组注释数据库（miRGen） 3、miRNA功能注释系统（miRGator） 4、miRNA靶向和表达的预测系统（microRNA.org） 其他表观遗传学数据库 1、重复序列去除软件（The Repeat Masker Server） 2、开放阅读框寻找（ORF Finder） 3、转录调控因子数据库（Transcriptional Regulatory Element Database） 4、人类DNA第一外显子和启动子的预测服务（FirstEF） 5、转录调控数据库（TRANSFAC） 建立在表观遗传机制基础的功能基因组及比较基因组研究 组蛋白的共价修饰 高通量实验技术介绍 ChIP-chip 染色质免疫共沉淀-芯片法 （Chromatin?Immunoprecipitation-chip ChIP-Seq 染色质免疫沉淀-测序 组蛋白修饰的研究 Few computational predictiv