qsarqspr模型验证方式与预测能力的关系研究 the relationship between model predictive ability and validated method in qsarqspr study.pdfVIP

VoL 第27卷第2期 计算机与应用化学 27，No．2 2010年2月28日 and February，2010 ComputersAppliedChemistry QSAR／QSPR模型验证方式与预测能力的关系研究 张文军，张运陶。 (西华师范大学应用化学研究所，四川，南充，637002) 摘要：QsAR研究中，判断模型预测能力至关重要。长期以来，模型的预测能力是使用留一法或留k法等内部验证来 确定，但在2004年形成的OECD规则中，已明确规定必须使用外部验证集去评价模型的预测能力。为了研究内部验 证和外部验证与模型预测能力之间的关系，本文以45种睾酮和二氢睾酮衍生物以及37种萘锟酯衍生物为研究对 象，以E．Dragon计算的分子描述符作为自变量，在增n减l算法选择变量的基础上，采用SVM算法对同种物质的不 同活性以及不同物质的不同活性建立QSAR模型，研究QSAR／QSPR建模时的不同验证方式与模型预测能力的关 系。研究结果表明，模型的预测能力与内部验证结果的好坏无必然联系，而结合外部验证的检验结果则是判断模型 预测能力的可靠依据。 关键词：QSAR／QSPR；模型验证；预测能力 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2010)02-201-205 中图分类号：TQ015．9；06-39 1 引言 酮和二氢睾酮衍生物，以及37种萘锟酯衍生物的分子结构， 长期以来，在定量结构一活性(性质)关系(QSAR／ 计算分子描述符，计算了睾酮和二氢睾酮衍生物119种拓扑 QSPR)研究中，研究者往往通过使用留一或留k交叉验证 指数和33种连接性指数；计算了萘锟酯衍生物96种2D自 法，仅从内部验证角度来确定模型预测能力的高低【l-9】。但 相关指数。 在2004年QSAR国际会议上正式形成的OECD(TheO玛aIli— 2．3方法 aationforEconomic and Co--operationDevelopment)规则，已明 使用增n—l法结合pSVM算法选择变量建立模型。 确规定必须使用外部验证集来评价模型的预测能力“们。目 前国内学术刊物上关于QSAR／QSPR的研究报告中，尚少见 QSAR模型。 有明确遵循OECD规则的论文发表，为此，本文以45种睾酮 2．3．1 增n—l算法 和二氢睾酮衍生物以及37种萘锟酯衍生物作为研究对象， 增n—l是结合正向筛选和逆向剔除的1种算法。该法 分别从同系列衍生物和不同系列衍生物2个方面，研究 首先正向筛选儿个变量，然后逆向剔除1个变量；重复以上2 QSAR建模中内部验证和外部验证与模型预测能力的关系。 步，直到选择的变量个数达到预设值，输出结果。算法具体 将45种睾酮和二氢睾酮衍生物¨¨以及37种萘锟酯衍生 步骤如下： 物‘121分别按文献¨1-12]分为训练集和预测集，采用增n减l