基于rna测序研究过表达ajuba对t47d基因表达谱的影响-检验医学.pdfVIP

检验医学 2016 年 6 月第 31 卷第 6 期 Laboratory Medicine ，June 2016 ，Vol. 31，No. 6 ·527 · 文章编号 ：1673-8640 （2016 ）06-0527-06 中图分类号 ：R446.1 文献标志码 ：A DOI ：10.3969/j .issn.1673-8640.2016.06.018 基于 RNA 测序研究过表达 AJUBA 对 T47D 基因 表达谱的影响 1 2 2 2 2 2 1 徐北惠，李　琪 ，邹秀群 ，徐　洪 ，侯照远 ，王家敏 ，倪培华 （1.上海交通大学医学院附属瑞金医院检验系 ，上海 200025 ； 2.上海交通大学医学院生物化学与分子细胞生物学系 ，上海 200025 ） 摘要 ：目的　探究AJUBA基 因对于雌激素受体 阳性乳腺癌细胞T47D基 因表达 的影响。方法　构建AJUBA 稳定过表达 的T47D细胞系。载体对照组和实验组分别提取RNA进行转录组测序技术 （RNA-seq ）测序 ，将所 得序列映射到人类基 因组并进行转录组重建 ，样本标准化后寻找实验组和对照组之间的差异基 因 ，利用生物 信息学方法进一步对所得 的差异基 因进行基 因本体论 （GO ）分析和京都基 因与基 因组百科全书 （KEGG ）通 路富集性分析 ，同时挑选部分基 因用实时荧光定量聚合酶链反应 （RT-qPCR ）进行基 因表达验证 。结果　实验 组与对照组细胞相 比共找到568个差异基 因，其 中上调基 因239个 ，下调基 因329个 。GO分析 中，注释到分子 功能、生物学过程和细胞组成 的上调差异基 因分别有3、23、8个 ；下调差异基 因分别有2 1、35、9个 。KEGG 分析 中上调基 因显著富集通路有2个 ，下调基 因显著富集通路有4个 。结论　AJUBA 过表达可以影响T47D细胞 的一系列生物学过程相关 的多条信号通路 ，可能在乳腺癌发生、发展 中起重要作用 。 AJUBA 关键词 ： ；乳腺癌 ；高通量RNA测序 ；差异表达基 因；生物信息学分析 1 Influence of AJUBA overexpression on T47D gene expression profile by RNA sequencing X U Beihui ，LI 2 2 2 2 2 1 Qi ，ZOU X iuqun ，X U Hong ，H OU Zhaoy uan ，WAN G J iamin ，NI Peihua . （1. Dep artment of Laboratory M edicine ，Ruij in H osp ital ，Shanghai J iaotong Univers ity School of M edicine ，Shanghai 200025 ，China ； 2. Dep artment of Biochemistry and Molecular Cy tobiology ，Shanghai J iaotong University School of Medicine ， Shanghai 200025，China ） Abstract ：Objective　To investigate the influence o