基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究-草业学报.pdfVIP

草 业 学 报 第 卷 第 期 ２４２－２５２ ２３ ６ 　　　 　 　 　 　　　 　 年 月 ， ２０１４ １２ ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ Ｖｏｌ．２３Ｎｏ．６ 　　　 　　　 基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究 贾新平，叶晓青，梁丽建，邓衍明，孙晓波，佘建明 （江苏省农业科学院农业生物技术研究所 江苏省农业生物学重点实验室，江苏 南京 ２１００１４） 摘要：采用新一代高通量测序技术 ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉＳｅ ２０００对海滨雀稗叶片转录组进行测序，结合生物信息学方法开 ｑ 展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序，获得了 个序列读取片段（ ），包含了 个 ｒｅａｄｓ ４７５２０５４４００ 碱基序列（ ）信息。对 进行序列组装，获得 个单基因簇（ ），平均长度 ，序列信息达到了 ｂ ｒｅａｄｓ ８１２２０ ｕｎｉｅｎｅ １０７７ｂ ｐ ｇ ｐ 。另外从长度分布、 含量、表达水平等方面对 进行评估，数据显示测序质量好，可信度高。 ＧＣ ｕｎｉｅｎｅ ｐ ｇ 数据库中的序列同源性比较表明， 个 与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转 ４６１６９ ｕｎｉｅｎｅ ｇ 录组中的 根据 功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类 个分支，其中有大量 ｕｎｉｅｎｅ ＧＯ ４８ ｕｎｉ ｇ  ｅｎｅ与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将 与 数据库进行比对，根据其功能大致可分为 类。 ｇ ｕｎｉｅｎｅ ＣＯＧ ２５ ｇ ＫＥＧＧ数据库作为参考，依据代谢途径可将 ｕｎｉｅｎｅ定位到 １１２个代谢途径分支，包括苯丙氨酸代谢通路、植物与 ｇ 病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合