蕨类植物芒萁幼孢子体转录组高通量测序及特征分析.pdfVIP

林业科学研究　２０１６，２９（４）：５００ ５０７ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　文章编号：１００１１４９８（２０１６）０４０５０００８ 蕨类植物芒萁幼孢子体转录组高通量测序 及特征分析 １，２ ２ ２ １ 刘丽婷 ，温　强 ，黄小春 ，刘琪瞡 （１．北京林业大学 北京　１０００８３；２．江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室 江西 南昌　３３００１３） 摘要：［目的］采用高通量测序技术ＩｌｌｕｍｉｎａＭｉＳｅｑ２５０获得蕨类植物芒萁的孢子体转录组数据，以期为芒萁的生长、 发育、代谢调控、微进化机制分析等提供重要的分子信息。［方法］应用生物信息学方法对测序获得的大量单基因 簇（Ｕｎｉｇｅｎｅ）进行基因功能注释、代谢途径及微卫星分析等。［结果］本研究共获得序列读取片段 （ｒｅａｄｓ），总碱基数为４．６２Ｇｂｐ序列信息，经序列组装最终得到６３１６９个 Ｕｎｉｇｅｎｅ，平均单条Ｕｎｉｇｅｎｅ长度为８６３ｂｐ， Ｎ５０为１５８７ｂｐ，其中分布在２００ ５００ｂｐ长度区间Ｕｎｉｇｅｎｅ占总数的５５．４％。数据库中的序列同源性比较表明， ２６８２６个Ｕｎｉｇｅｎｅ与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。芒萁转录组中的Ｕｎｉｇｅｎｅ根据ＧＯ功能大致可分 为细胞组成、分子功能和生物学过程３大类４７个分支，其中有大量的Ｕｎｉｇｅｎｅ与细胞进程、绑定活性、代谢过程和催 化活性相关。将Ｕｎｉｇｅｎｅ与ＣＯＧ数据库进行比对，根据其功能大致可分为２６类。以ＫＥＧＧ数据库作为参考，依据 代谢途径可将Ｕｎｉｇｅｎｅ定位到２５７个代谢途径分支。此外，利用 ＭＩＳＡ软件检索２ ６碱基微卫星，共找到１３２８６ 个ＳＳＲ。在不同长度微卫星中，三核苷重复数量最多，占总数的４０．４１％。在各重复基序类型中出现频率最高的为 ＡＧ／ＣＴ（１４．４５％）与ＡＡＧ／ＣＴＴ（１２．３９％）。利用重复基序开发的多态性 ＳＳＲ标记，可应用于芒萁不同个体的基因 型分型鉴定。［结论］本研究获得了较高质量的芒萁转录组数据库，揭示了芒萁孢子体生长发育过程中表达基因的 功能总体特征，可为芒萁进一步的功能基因挖掘和分子标记规模化开发奠定基础。 关键词：芒萁；转录组；功能注释；微卫星 中图分类号：Ｓ７１８４６ 文献标识码：Ａ ＤｅｎｏｖｏＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄＣｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆＪｕｖｅｎｉｌｅＳｐｏｒｏｐｈｙｔｅ ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｏｆａＦｅｒｎ，Ｄｉｃｒａｎｏｐｔｅｒｉｓｄｉｃｈｏｔｏｍａ １，２ ２ ２ １ ＬＩＵＬｉｔｉｎｇ ，ＷＥＮＱｉａｎｇ，ＨＵＡＮＧＸｉａｏｃｈｕｎ，ＬＩＵＱｉｊｉｎｇ （１．ＢｅｉｊｉｎｇＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ　１０００８３，Ｃｈｉｎａ；２．ＪｉａｎｇｘｉＰｒｏｖｉｎｃｉａｌＢｉｏｔｅｃｈＫｅｙＬａｂｆｏｒＰｌａｎｔ， ＪｉａｎｇｘｉＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｎａｎｃｈａｎｇ　３３００３２，Ｊｉａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＴｈｅｓｐｏｒｏｐｈｙｔｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｏｆＤｉｃｒａｎｏｐｔｅｒｉｓｄｉｃｈｏｔｏｍａｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄｂｙＩｌｌｕｍｉｎａＭｉＳｅｑ ２５０ｔｏｐｒｏｖｉｄｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｉｔｓｇｒｏｗｔｈ，ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，ａｎｄｔｈｅｍｉｃｒｏｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｍｅｃｈａ ｎｉｓｍ．［Ｍｅｔｈｏｄ］Ｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎｎｏｔａｔｉｏｎｓ，ｍｅｔａｂｏｌｉｃｐａｔｈｗａｙｓａｎｄｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｓｏｍｅＵｎｉｇｅｎｅｓｗｅｒｅ ｃｏｎｄｕｃｔｅｄｕｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄｓ．［Ｒｅｓｕｌｔ］Ａｔｏｔａｌｏ