陆地棉ghzip基因家族全基因组分析-华北农学报.pdfVIP

华北农学报 ·２０１５，３０（６）：８１６ 陆地棉ＧｈＺＩＰ基因家族全基因组分析 倪万潮，巩元勇，徐珍珍，郭书巧，束红梅，蒋　璐 （江苏省农业科学院，农业部长江下游棉花和油菜重点实验室，江苏 南京　２１００１４） 　　摘要：ＺＩＰ基因家族是生物体内非常重要的一类金属阳离子转运蛋白基因家族，通过对陆地棉基因组的全面分析 和鉴定，获得 ＧｈＺＩＰ基因家族系统性的生物学信息。运用比较基因组学的方法，从陆地棉异源四倍体标准系 ＴＭ１基 因组数据库中鉴定出４５个 ＧｈＺＩＰ基因，这些基因分布在除了 Ａ０４、Ａ０９、Ｄ０４和 Ｄ０９号亚基因组以外的２２个亚基因 组，Ｄ亚组比Ａ亚组多５个 ＧｈＺＩＰ基因，有 １６对基因在Ａ亚组和相对的Ｄ亚组上存在一一对应关系。有４４个 ＧｈＺＩＰ 基因具有跨膜结构，其中有３６个 ＧｈＺＩＰ基因的跨膜结构域是６～９个，具有 Ｈｉｓ富集区序列并位于膜内侧可变区的有 ２０个 ＧｈＺＩＰ基因，只有 １个 ＧｈＺＩＰ基因亚细胞定位不在细胞质膜。对 ＮＣＢＩ中陆地棉的ＥＳＴ数据库做比对统计，有 ２１个 ＧｈＺＩＰ基因没有可匹配的ＥＳＴ序列，其他 ２４个 ＧｈＺＩＰ基因在棉花的根、茎、叶、花、胚珠、纤维等组织中广泛表 达，其中有 １８个基因在根和／或茎中表达。研究结果为 ＧｈＺＩＰ基因的克隆和功能研究提供了理论基础。 关键词：棉花；陆地棉基因组；ＧｈＺＩＰ基因 中图分类号：Ｓ５６２．０３；Ｑ７８　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１０００－７０９１（２０１５）０６－０００８－０９ ｄｏｉ：１０．７６６８／ｈｂｎｘｂ．２０１５．０６．００２ ＧｅｎｏｍｅｗｉｄｅＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅＧｈＺＩＰＧｅｎｅＦａｍｉｌｙｉｎＵｐｌａｎｄＣｏｔｔｏｎ ＮＩＷａｎｃｈａｏ，ＧＯＮＧＹｕａｎｙｏｎｇ，ＸＵＺｈｅｎｚｈｅｎ，ＧＵＯＳｈｕｑｉａｏ，ＳＨＵＨｏｎｇｍｅｉ，ＪＩＡＮＧＬｕ （ＪｉａｎｇｓｕＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＣｏｔｔｏｎａｎｄＲａｐｅｓｅｅｄ， ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｎａｎｊｉｎｇ　２１００１４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＺＩＰｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍｏｓｔｉｍｐｏｒｔａｎｔｍｅｔａｌｃａｔｉｏｎｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｗｉｔｈｉｎｔｈｅｏｒｇａｎ ｉｓｍ．ＴｈｉｓｗｏｒｋｉｓｔｏｏｂｔａｉｎｔｈｅｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆＧｈＺＩＰｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｔｈｒｏｕｇｈｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅａｎａｌｙ ｓｉｓａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｈｅＧｏｓｓｙｐｉｕｍ ｈｉｒｓｕｔｕｍ ｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｇｅｎｏｍｉｃｓａｐｐｒｏａｃｈｗａｓｕｓｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔｔｈｉｓｒｅｓｅａｒｃｈ，４５ＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｆｒｏｍｔｈｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａｂａｓｅｏｆａｌｌｏｔｅｔｒａｐｌｏｉｄｃｏｔｔｏｎ （ＧｏｓｓｙｐｉｕｍｈｉｒｓｕｔｕｍＬ．ａｃｃ．ＴＭ１）．ＴｈｉｓＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｔｏｂｅｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄｏｎ２２ｏｔｈｅｒｓｕｂｇｅｎｏｍｅｓｅｘｃｅｐｔ ｆｏｒＡ０４，Ａ０９，Ｄ０４ａｎｄＤ０９．Ｄｓｕｂｇｅｎｏｍｅｓｗａｓ５ｍｏｒｅＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｔｈａｎＡｓｕｂｇｅｎｏｍｅｓ．Ｔｈｅｒｅｗｅｒｅ１６ｐａｉｒｓｏｆ ＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｉｎｔｈｅＡａｎｄＤｓｕｂｇｅｎｏｍｅｓｗｉｔｈｏｎｅｔｏｏｎｅｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｅｎｃｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ．Ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｄｏｍａｉｎｗａｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄｉｎ４４ＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓ，ａｍｏｎｇｔｈｅｍ３６ＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｈａｄ６－９ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｄｏｍａｉｎｓ．２０ＧｈＺＩＰｇｅｎｅｓｈａｄ ｈｉｓｔｉｄｉｎｅｒｉｃｈｄｏｍａｉｎｗｈｉｃｈｌｏｃａｌｉｚｅｄａｔｖａｒｉａｂｌｅｒｅｇｉｏｎｏｆｍｅｍｂｒａｎｅｉｎｎｅｒ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｏｆｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎｉｎ ｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｏｎｌｙｏｎｅＧｈＺＩＰｇｅｎｅｗａｓｎｏｔｌｏｃ