基于结构域的芥子油苷合成相关蛋白质相互作用-东北林业大学学报.pdfVIP

第４３卷 第９期 东　 北　 林　 业　 大　 学　 学　 报 Ｖｏｌ．４３ Ｎｏ．９ ２０１５年９月 ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＮＯＲＴＨＥＡＳＴ ＦＯＲＥＳＴＲＹ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ Ｓｅｐ． ２０１５ 基于结构域的芥子油苷合成相关蛋白质 相互作用模型构建和预测１） 孙晓芳　 刘亚秋　 初砚硕 （东北林业大学，哈尔滨，１５００４０） 　 　 摘　 要　 从蛋白质一级序列抽取蛋白质结构域信息建立结构域特征向量，使用结构域特征向量训练基于高斯 径向基核的支撑向量机，用５折交叉验证对支撑向量机参数网格寻优，然后用最优化参数训练得到蛋白质相互作 用预测器。 结果表明：预测器的交叉验证ＲＯＣ 曲线下面积达到了８５．４９％，可以有效预测拟南芥相关的蛋白质相 互作用。 － 关键词