烟草ests资源的ssr信息分析-生物技术通报.pdfVIP

生物技术通报 ·研究报告 · B IO TECHN OLO G Y　BULL E T IN 2009年第 7 期 烟草 ESTs资源的 SSR信息分析 胡重怡 　蔡刘体 　陈兴江 (贵州省烟草科学研究所 ,贵阳 550003) 　　摘 　要 : 　烟草 ESTs数量迅速增加为开发新的 SSR 标记提供了宝贵的资源 。经过软件分析 ,对 242 683 条烟草 ESTs序 列剔除冗余序列 ,在 2 11 728条非冗余烟草 ESTs序列中 ,共检索出 9 339 个 SSR , SSR 之间的距离约为 14 2 1 kb ,检出率为 4 4 1% ,包括 2 16种重复基元 。其中三核苷酸重复类型的 SSR 占主导地位 , 占总 SSR 的 5034 % ,其次为二核苷酸和单核苷 酸 ,分别为 2300% , 1648% ,其余重复类型所 占比例均不足 5% 。在所有重复基元中 , A / T重复为主要类型 , 占所有重复 14 68% ,其次为 A T/ TA、A G/ TC、AA G/ TTC,分别为 1049% 、948% 、685% 。随机设计 10对 ESTSSR 引物 ,对 6个品种烟草 进行扩增 , 10对 ESTSSR 引物均能扩增出产物 ,其中 1对引物在 6个品种有多态性 。本研究为烟草 ESTSSR 标记的建立和进 一步应用奠定了基础 。 关键词 : 　烟草 　ESTSSR 　重复基元 Ana ly sis of SSR Informa tion in ESTs Resource of Tobacco ( N icotian a tabacum ) Hu Zhongyi　Cai L iuti　Chen X ingj iang ( Tobacco S cience R esou rce Institu te of Gu izhou P rovince, Gu iy ang 550003) 　　Ab s tra c t: 　In th is re search, 242 683 exp re ssed sequence tags ( ESTs) were analyzed by software, indicating that 9 339 SSR were found in 2 11 728 nonredundant tobacco ESTs, and the average distance between SSR wa s app roxim ately 14 2 1 kb , accoun ting for 4 4 1% of ESTs, including 2 16 k ind s of rep eat motifs were m ined ou t Trim eric rep eats, accounting for 5034% , was dom inant in all SSR , followed by dim eric and monom eric rep eats, 2300% and 1648% , wh ile the frequency for other rep eat typ e was below 5% each The mo st abundant motif wa s A / T, accounting for 14 68% in all rep eat typ es, followed by A T/ TA , A G/ TC, AA G/ TTC, ac counting for 1049% , 948% , 685% , resp ectively10 p airs of p rim ers for ESTSSR random ly designe