白菜est－ssr标记的通用性.pdfVIP

细胞生物学杂志 Chinese Journal of Cell Biology 2006, 28: 248-252 白菜EST-SSR标记的通用性 1,2 1* 1 1 1 1 3 3 忻 雅 　崔海瑞 　张明龙 　姚艳玲 　卢美贞 　金基强 　林容杓 　崔水莲 1 2 (浙江大学原子核农业科学研究所，杭州 310029；杭州市农业科学研究院生物所，杭州 310024； 3忠南大学园艺系，大田305764，韩国) 摘要　　EST-SSR是从表达序列标签(expressed sequence tag, EST)中开发的新型简单序列重 复(simple sequence repeat, SSR)标记。根据白菜EST设计了15对SSR引物，对白菜、油菜、玉 米、高粱、水稻和茶树等进行了PCR，研究了白菜的EST-SSR标记在不同物种间的通用性。所设 计的引物对不同白菜品种、近缘种油菜和远缘种玉米、高粱、水稻和茶树的扩增成功率分别为 100%、93.3%、80%、93.3%、93.3%和86.7%。在15对引物中，有11对在远缘种中都有扩增产 物，而且一些引物可显示多态性，多态性引物分别占了可扩增引物的33.3%、28.6%、28.6%和 61.5%。这些结果表明，白菜EST-SSR引物具有较高的通用性，这对于比较基因组学研究有重要 意义。 根据表达序列标签(expressed sequence tag, EST) 科学研究所育种室提供，茶树品种由浙江大学茶学 而建立的简单序列重复(simple sequence repeat, SSR) 系提供。模板DNA提取自各材料的新鲜叶片，采 [11] 标记称为EST-SSR，这种新型SSR标记正逐渐显现 用改良的CTAB法 。 其独特的优越性，其中很重要的一点就是其通用 1.2白菜EST-SSR引物的设计合成 性。EST来源于DNA编码区，通常其序列保守性 用TRIzol (Gibco，BRL)从大白菜自交系A叶 程度较高，因而EST-SSR不同于基因组SSR，一 片中提取总RNA并分离其中Poly-A mRNA，按ZAP- 旦建立EST-SSR标记就可以在一系列相关种中应 cDNA试剂盒(Stratagene)合成cDNA，将片段长度 [1] 用。但是，从EST中分离微卫星也有一定复杂性 。 大于800 bp的cDNA克隆到Uni-ZAP XR载体上， 为此，应进一步探讨不同物种间标记的通用性，以 [12] 然后进行测序 。对获得的EST利用RepeatMaske 显著提高标记的利用价值，增加特定物种的现有标 程序 记数目。 Masker)结合人工搜寻，对其中所含有的SSR进行 [2] Gupta等 报道55.12%以上的普通小麦EST-查找。选取部分含有SSR的EST，采用Primer3软 SSR标记可以在小麦和大麦属中通用，设计的引物 件 不仅在禾本科作物的单一种内通用，而且在相关种 primer3_www.cgi)对其设计引物，由上海生工生物 间也具有通用性。麦类EST-SSR的通用性研究已较 技术公司合成，有关这些引物的具体情况见表2。 [3~6] [7] [8] [8] [9] 多 ，紫苜蓿 、杏 、葡萄 、甘蔗 和高羊 1.3通用性检测及多态性评价 [10] 茅 的EST-SSR通用性也有研究报道，但还未见有 首先用15对EST-SSR引物对29个白菜品种进 白菜EST-SSR标记通用性的研究文献，本文探讨了 行扩增，以检测这些引物对源种自交系A和其他品 白菜EST-SSR标记在相关物种中的通用性。 种的可用性，然后进一步分别对10个油菜品种、11