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棉花分子育种研究进展 　　摘要：棉花分子育种是目前棉花育种研究的重要手段。本文从分子标记辅助育种和转基因育种两个方面，概述近几年国内外棉花分子育种的研究进展，总结棉花分子育种目前遇到的问题，以期为今后棉花分子育种提供参考。 　　关键词：棉花；分子标记；转基因；育种 　　中图分类号：S562.03文献标识号：A文章编号：1001-4942（2017）05-0144-07 　　Research Progress of Cotton Molecular Breeding 　　Deng Lin，Yu Xiaogang，Jiang Duo，Liu Qian，Wang Baohua 　　（School of Life Sciences，Nantong University，Nantong 226019，China） 　　AbstractMolecular breeding is an important means in cotton breeding research at present. In this paper，the progress and problems of cotton molecular breeding at home and abroad in recent years were summarized from aspects of molecular marker-assisted breeding and transgenic breeding，so as to provide references for future cotton molecular breeding. 　???KeywordsCotton；Molecular marker；Transgene；Breeding 　　棉花是我??重要的经济作物，2015年种植面积达到379.9×104 hm2，总产量为560.5×104 t。除了主产品棉纤维外，副产品的经济效益也日益被发掘，棉秆和棉籽等都可以作为生物质能源原料被利用[1]。然而，传统的棉花育种方式已不能充分满足工业生产迅速发展的需求。棉花分子育种由于能明显缩短育种周期、可定向选择优质基因等优点，已经逐步成为棉花育种的重要方式，已高效实现棉花性状中的产量、棉纤维品质、对生物及非生物胁迫的抗性（抗病抗逆性）、种子含油量、纤维颜色、光合效率等性状的改良。本文拟从分子标记辅助育种、转基因育种两个方面概述近几年来国内外棉花分子育种的研究进展、棉花分子育种目前的成就及面临的困难，提出我们对于该问题的思考，以期为棉花分子育种提供参考。 　　1棉花分子标记辅助育种与转基因技术的基本原理 　　1.1分子标记的种类及分子标记辅助育种的原理 　　经过多年的发展，分子标记主要包括以下四类。第一类以DNA-DNA杂交技术为基础，如限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）、数目可变串联重复序列多态性（variable number of tandem repeat，VNTR）。第二类以PCR技术为基础，如随机扩增片段长度多态性DNA（random amplified polymorphic DNA，RAPD）、简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）、序列特异性扩增片段（sequence-characterized amplified region，SCAR）、相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism，SRAP）、靶位区域扩增多态性（target region amplified polymorphism，TRAP）、扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism，AFLP）。第三类以DNA单链、单核苷酸多态性为基础，如单链物质多态性（single strand conformation polymorphism，SSCP）、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）、衍生的酶切扩增多态性（derived cleaved amplified polymorphic sequence，dCAPS）。第四类原位杂交技术（in situ hybridization，ISH），包括荧光原位杂交（fluorecence in situ hybridization，FISH）和基因组原位杂交（genome in situ hybridization，GISH）等[2]。分子标记辅助选择是在作物改良过程中，利用分子标记选择目的性状基因型的一种辅助手段。它