孤独症相关基因CNTNAP2的遗传变异分析.pdfVIP

76 中国计划生育学杂志 2O14年 2月 第22卷 第 2期 Chi nJFam Plann，Vet．22，No．2．February2O14 ● 基础研究 ● 孤独症相关基因CNTNAP2的遗传变异分析 贾秋利 林 圣 段芳玲 段永恒 宋 慧 谢立春 张玲华 谷学英 曾序春 段 山 深圳市人 口和计划生育科学研究所 医学遗传学实验室 ／广东省出生缺陷监测与干预重点实验室 (518040) 摘 要 目的：研究在中国南方汉族人群 中CNTNAP2基因遗传变异与孤独症 的相关性 。方法 ：收集 45个孤独症患 儿及其核心家系成员血样 ，对 CNTNAP2基因序列进行直接测序分析 ，比对识别出稀有突变、短的插入缺失和单核苷 酸多态性 (SNP)，并将它们的等位基因频率和基因型与千人基因组计划数据信息进行统计 比较，发现关联性的位点， 建立在核心家系中的遗传传递模式。同时利用计算机辅助分析这些遗传变异对蛋 白质结构和功能的影响。结果 ：共 发现 4个稀有突变、3个短的插入缺失和 13个 SNP位点 ，其 中包括两个错义突变 P．747AV和 P．1102VI。家系 传递分析发现 3个新生突变及4个遗传 自父母 的风险因子。rs6973990GT等位基 因的频率在患者 中显著低于健 康人群 ()(=9．356，P—o．002)。另有 5个 SNP的基因型在等位基 因效用显性模型或隐性模型中发现与孤独症具有 显著相关性 (Pd0．05)。软件分析 的结果提示 P．747AV的突变对蛋 白质结构和功能可能有害 。结论 ：中国南方汉 族人群 CNTNAP2基因变异与孤独症发病显著相关 。 关键词 孤独症 CNTNAP2 基因突变 单核苷酸多态性 doi：10．3969／．issn．1004—8189．2014．O2 AssociationofgeneticvariationsofCNTNAP2genewith autism JiaQiuli，I,inSheng，DuanFangling，DuanYongheng，SongHui，XieI．ichun，ZhangLinghua，GuXueying，Zeng Xuchun，DuanShah LaboratoryofMedicalGenetics，KeyLaboratotYofBirthDefectsSurveillanceandInterventionofGuangdung Province，ShenzhenResearchInstituteoj’PopulationandFamilyPlanning，Shenzhen518040 (Drre od gauthor：DHartShan，Email：szippl@ 163．corn Abstract ()bjective：ToexploretheassociationofgeneticvariationsinCNTNAP2genewithautism insouthernChi— neseHanpopulation．M ethods：Bloodsamplesfrom 45patientswithautism andtheircorefamilymemberswerere cruitedinthisstudy．TheexonsandtheirflankingregionsofCNTNAP2geneweredirectlysequenced．Afteraligning thesequencefrom 45patientswithautism andtheircorefam ily，DNA variantswereidentified，includingraremuta— tions，indelsandSNPs。andtheirallelefrequencyandgenotypeswerecomparedwiththoseobtainedfrom the1000Ge nomeProject．Thetransmissionofthesevariationswerealsostudiedinthecorefamily．Finally，computationalalgo rithmswereemployedtoestimatedeleterio