南海硇洲岛潮汐带栉江珧可培养细菌的系统发育多样性.PDF

微生物学通报 Nov. 20, 2014, 41(11): 2216−2226 Microbiology China © 2014 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140120 研究报告 南海硇洲岛潮汐带栉江珧可培养细菌的系统发育多样性 1 1 1,3 1 1 1 2 1* 刘荷 朱泓溢 肖建青 刘祝祥 程金莲 贺建武 李文均 陈义光 (1. 416000) (2. 650091) (3. 416000) 摘 要【目的】研究南海硇洲岛潮汐带栉江珧(Atrina pectinata )样品相关可培养细菌的多样性。 【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA 基因序列的系统发育分析，法对样品中可培养细菌(含 放线菌)的类群多样性、物种多样性和遗传多样性进行研究。【结果】用补充0–25% (质量体积 比) NaCl 的MA 、MH 和NA 培养基从栉江珧样品中分离到 125 株细菌。在形态观察和部分生 理生化实验结果的基础上去冗余，选取90 个代表性菌株进行基于 16S rRNA 基因序列的系统发 育多样性分析。结果表明，这 90 个分离菌株分属于 3 个大的系统发育类群 (Gamma-proteobacteria、Firmicutes 、Actinobacteria) 、6 个科、10 个属，可分为33 个物种。优 势类群为厚壁菌门(Firmicutes) (56 株，62.2%)和γ-变形杆菌亚门(Gamma-proteobacteria) (31 株， 34.5%)。大多数菌株与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异 (16S rRNA 基因序列相似性为95.7%–99.9%) ，其中有5 株可能代表新的分类单元(Potential new taxa) 。分析表明，菌株JSM 112024 可能代表了盐单胞菌科(Halomonadaceae)的一个属一级新分 类单元；菌株JSM 112019 、JSM 114045 、JSM 114058 和JSM 114083 可能分别代表盐弧菌属 (Salinivibrio) 、芽孢杆菌属(Bacillus) 、盐单胞菌属(Halomonas)和枝芽孢菌属( Virgibacillus) 的新 物种。【结论】湛江硇洲岛潮汐带栉江珧中存在较为丰富的可培养细菌物种多样性和系统发育 多样性，并潜藏着较多的新微生物类群(物种) 。 关键词南海，栉江珧，可培养细菌，16S rRNA 基因，系统发育分析，生物多样性 基金项目：(No. 3097000731460004) 973 (No. 2010CB833800) (No. JSU071312Z01) (No. 201208Z01) *通讯作者：Tel 86-743-8564416 Fax 86-743-8560620 mchenjsu@ 收稿日期：2014-02-19 接收日期：2014-05-14 优先数字出版日期() 2014-05-15 : 2217 Phylogenetic diversity of cultivable bacteria associated with Atrina pectinata collected from the tidal flat of Naozhou