福州地区汉族群体15个STR基因座遗传多态性探究.doc

福州地区汉族群体15个STR基因座遗传多态性探究 　　[摘要] 目的 调查福建福州地区汉族群体遗传15个STR基因座多态性参数，同时评估AmpFlmSTR IdentifilerTM体系应用于该地区汉族人群进行法医学个体识别及亲子鉴定的价值。 方法 应用AmpFlmSTR IdentifilerTM体系荧光标记复合扩增系统检测350名福建福州地区汉族无关个体15个STR 基因座的多态性，统计计算群体遗传学参数。 结果 15 个STR 基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg 平衡（P 0.05），发现4个稀有等位基因。15个STR遗传标记均具有高度多态性，杂合度0.12～0.405，匹配概率0.032～0.225，个体识别力0.775～0.968，多态性信息含量0.55～0.86，非父排除率0.285～0.761。 结论 15 个STR 基因座在福建福州地区有较高的多态性。通过这份样本实验和等位基因频率总结，得到了福建福州人群更多法医学亲权鉴定和个人识别等位基因多样性的客观数据。 [关键词] STR 基因座；遗传多态性；等位基因频率；福州地区 [中图分类号] D919 [文献标识码] A [文章编号] 2095-0616（2013）17-14-04 短串联重复序列（short tandem repeat，STR）又称微卫星DNA（micro satellite DNA），是一种广泛存在于人类基因组中可遗传、不稳定、且具高度多态性的DNA序列[1]。目前人类基因组内已发现了七千个以上的STR位点，平均每15kb就存在一个STR基因座。由于STR核心单位重复数目的变化，构成了STR基因座的遗传多态性。STR基因座因其分布广泛、信息量大，基因片段短、扩增效率高、易于检测，判型准确，且具有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等诸多优点，已广泛应用于遗传连锁分析、肿瘤等疾病相关基因的定位、器官移植、人类遗传学、法医学亲权鉴定及个体识别、身源认定等研究领域。由于STR 的基因频率和基因型的分布在不同地区之间存在差异，法医学应用价值及特点都有所不同，因此，各实验室利用STR 遗传标记开展群体遗 传学研究及法医鉴定工作[2]，国内外许多DNA 实验室致力于DNA 检测基因座的群体遗传学研究[3-6]，以寻找到适合于不同民族、不同群体个人识别和亲权鉴定的基因座。本研究对350例福建福州地区汉族无关个体的15个STR基因座遗传多态性进行调查，并对其应用进行评估。 1 材料与方法 1.1 样本 取来自福建省立医院司法鉴定所2012年3月～2013年1月的日常检案，总共350例无关个体，均来自福州五区八县地区汉族人群。 1.2 DNA提取 采用chelex-100快速提取法从血样中提取DNA，经DNA浓度测定符合标准后-20℃保存。 1.3 试剂 AmpFlmSTR IdentifilerTM试剂盒（ABI，美国）。 1.4 PCR扩增 PCR反应在Eppendorf Master Gradient型PCR扩增仪上进行，反应体系和条件严格按说明书进行操作。 1.5 毛细管电泳 将PCR扩增产物与DNA分子量标准550及去离子甲酰胺（HIDI）混匀，95℃变性3min，立即冷却到4℃，在Applied Biosystems 3130遗传分析仪上进行毛细管电泳。 1.6 荧光检测分型 用基因扫描软件（Date collection）检测扩增片段的荧光标记，以LIZ-550等为内标，根据扩增的STR片段大小确定STR基因座，以等位基因梯阶（Ladder）为标准，用基因分型软件（Genemapper ID v3.1）确定15个常染色体STR基因座的等位基因型。 1.7 统计学处理 运用PowerMarker V3. 1软件及Modified-powerstate 软件记录无关个体的基因型，对15个STR 基因座进行 Hardy-Weinberg 平衡检验，计算各STR 基因座等位基因数目及基因型数目、等位基因频率、杂合度观察值Ho、个人识别DP、非父排除概率 PE、多态信息含量PIC 以及该15个基因座的累计个人识别率TDP、累计非父排除概率 CPE。 2 结果 350份福州地区汉族无关个体15个STR基因座的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P0.05），具体见表1。350例福州地区汉族无关个体发现的稀有等位 基因情况见表2。检测的15个STR遗传标记均具有高度多态性，除基因座TPOX外，其他基因座杂合度均超过0.60， 匹配概率0.032～0.225，个体识别力0.775～0.968， 多态性信息