生物信息学基本方法.doc

生物信息学作业 学院：生命科学与工程学院 姓名：石文贵 学号：122071010002 一、The following sequence is from a sequencing reaction. Please check it up and indicate any genes and functional sites in it. 1.原基因序列 1 10 20 30 40 50 60 AATTAAAAGG AATCACTAAC TTTTATTGGT TATGTCAAAC TCAAAATAAA ATTTCTCAAC TTGTTTACGT GCCTATATAT ACCATGCTTG TTATATGCTC AAAGCACCA ACAAAATTTA AAAACACTTT GAACATTTGC ACCATGGTAG ATCTGAGGGT AAATTTCTAG TTTTTCTCCT TCATTTTCTT GGTTAGGACC CTTTTCTCTT TTTATTTTTT TGAGCTTTGA TCTTTCTTT AAACTGATC TATTTTTTAA TTGATTGGT TATGGTGTA AATATTACAT AGCTTTAAC TGATAATCTG ATTACTTTAT TTCGTGTGT CTATGATGAT GATGATAGT TACAGAACC GACGACTCG TCCGTCCTG TAGAAACCC CAACCCGTG AAATCAAAA AACTCGACG GCCTGTGGG CATTCAGTCT GGATCGCGA AAACTGTGG AATTGATCAG CGTTGGTGG GAAAGCGCG TTACAAGAAA GCCGGGCAA TTGCTGTGC CAGGCAGTT TTAACGATCA GTTCGCCGAT GCAGATATTC GTAATTATGC GGGCAACGT CTGGTATCAG CGCGAAGTC TTTATACCGA AAGGTTGGG CAGGCCAGC GTATCGTGCT GCGTTTCGA TGCGGTCAC TCATTACGGC AAAGTGTGG GTCAATAATC AGGAAGTGA TGGAGCATC AGGGCGGCT ATACGCCATT TGAAGCCGA TGTCACGCC GTATGTTATT GCCGGGAAA AGTGTACGTA TCACCGTTTG TGTGAACAAC GAACTGAACT GGCAGACTAT CCCGCCGGG AATGGTGATT ACCGACGAA AACGGCAAG AAAAAGCAG TCTTACTTCC ATGATTTCTT TAACTATGCC GGAATCCATC GCAGCGTAAT GCTCTACACC ACGCCGAAC ACCTGGGTG GACGATATCA CCGTGGTGA CGCATG 2.利用nucleotide blast查找出的匹配基因 (1)第一个匹配的基因 碱基序140-933 基因名称：Binary vector pVCPGUS(I)23010JQ436738.1 内容：Binary vector pVCPGUS(I)23010全长14317个碱基，该序列为其1722-2515间的序列，其中29-113为终止子terminator’URT。 (2)第二个匹配基因 碱基序140-933 基因名称：Expression vector pYPX24 gb|AY178049.1| 内容：Expression vector pYPX24该表达载体全长16368个碱基，该序列为其13906-14699间的序列。其中4955-5749,9437-11248为编码序列，分别编码氨基糖苷磷酸转移酶14114-15961为misc feature。 (3)第三个匹配基因 碱基序-933 基因名称：Cloning vector pLMB51gb|JQ895026.1| 内容：克隆载体PLMB51全长13892个碱基，该序列为其11615-12188间的序列。其中10380-12191间的碱基为编码蛋白的CDS，编码GusAβ葡糖糖苷酶。 3.总结 上述基因片段经行nucleotide blast比对，共发现100个与其匹配度100%的基因，其中25个基因覆盖该序列85%，从140-933碱基之间，剩余85个基因覆盖该序列61%，从360-933碱基之间，这100个基因都为载体基因，并且包含该片段的基因为编码GusA