应用seldi-tof-ms技术对患脂肪肝奶牛血浆差异-中国农业科学.pdfVIP

中国农业科学 2016,49(8):1585-1598 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.08.016 应用SELDI-TOF-MS技术对患脂肪肝奶牛血浆 差异蛋白的分离鉴定及生物信息学特征 徐 闯，朱奎玲，陈媛媛，杨 威，夏 成，张洪友，吴 凌，舒 适， 沈泰钰，于洪江，许秋实，张子扬 （黑龙江八一农垦大学动物科技学院，黑龙江大庆 163319 ） 摘要： 【目的】脂肪肝是围产期奶牛主要代谢性疾病之一，50%产后奶牛受其影响。产后奶牛生产力降低、 繁殖性能低下、免疫功能减弱、肝功能衰竭和过早死亡都与脂肪肝有关。表面增强激光解析/电离飞行时间质谱 （SELDI-TOF-MS）是一种对生物样本蛋白质研究的新型高敏感性蛋白质组学方法，文章旨在探讨脂肪肝奶牛血浆 蛋白质组学特征。【方法】于黑龙江某集约化养牛场选择产后7—28d，1—2胎次荷斯坦奶牛40头。清晨空腹尾静 脉采血10mL，应用肝素抗凝（150U）迅速离心（3 000 r/min，5 min）分离血浆,置于-80℃冰箱冷冻保存。依据 血浆甘油三酯（TG＞0.20 mmol·L-1 -1 ）, 血浆β-羟丁酸（BHBA＞1.2mmol·L ）浓度和临床症状，将其分为试验组（T） 20头和健康对照组（C）20头。应用SELDI-TOF-MS技术测得血浆蛋白质谱，利用Ciphergen Protein Chip Software (Version 3.1.1)对在试验组和对照组所有样品中得到的峰图进行分析，得到原始数据。将两组之间的数据峰值做 wilcoxon sum rank test统计检验，用计算出的 P 值判断峰在两组中是否有显著差异。以0.01作为 P 值的阈值， 筛选出 P 值小于0.01的差异峰。在得到的差异峰中，将差异峰的m/z值与Swissport蛋白数据库中多肽的理论荷 质比 (mass to charge ratio，m/z)进行比较，找到最相似的蛋白作为差异峰可能检测蛋白的预测结果。【结果】 与对照组相比，试验组奶牛血浆蛋白质谱存在 39 个差异峰，在得到的 39 个差异峰中，将差异峰的 m/z 值与 Swissport 蛋白数据库中多肽的理论荷质比值进行比较，最终获得 26 个可预测的差异峰，预测蛋白 11 种。结果 显示，相对于C组，11种预测蛋白在T组中均表达下调。通过生物信息学（Network，GO，Pathway）分析，应用 Cytoscape 软件对获得的 11 种蛋白进行牛类基因网络搜索，得到 Networks 分析结果图。在数据库中搜索到了试 验结果中的淀粉样肽前体蛋白 (amyloid precursor protein, APP)和纤维蛋白原α链(fibrinogen alpha chain, FGA)两种差异蛋白，并得到其相关的Networks分析结果。应用Cytoscape软件中BinGO 插件对11种蛋白进行GO 分析，并得到GO分析结果。对这些蛋白质经软件搜库得到已经注释的差异蛋白有9种，分别为FGA、血清淀粉样 蛋白A (serum amyloid A protein, SAA)、血浆蛋白酶c1抑制剂（plasma protease c1 inhibitor, SERPING1 or C1INH）、血清载脂蛋白-CⅢ（apolipoprotein c-Ⅲ，ApoCⅢ）、海帕西啶（hepcidin, HAMP）、骨桥蛋白（osteopontin, OPN or SPP1）、 甲状腺素运转蛋白（transthyretin, TTR）、胱蛋白酶抑制剂C （cystatin-c, CysC or CST）、 神经分泌血管生长因子蛋白（neurosecretory protein, VGF）。应用 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and G