用分子模拟方法研究大戟科抗HIV病毒蛋白与腺嘌呤的识别及其运动性.pdfVIP

生物物理学报 2011年 10月 第27卷 第 10期：875．882 ACTABIOPHYSICASINICAVo1．27No．10Oct．2011：875．882 、^^^^^f．cjb．org．ca 用分子模拟方法研究大戟科抗HIV病毒蛋白 与腺嘌呤的识别及其运动性 胡建平 1， 刘 嵬 ， 张智锦 ， 范 晶 ， 唐典勇 1．乐山师范学院化学与生命科学学院，四川乐山 614004； 2．成都大学药食同源植物资源开发重点实验室，成都 610106 收稿 日期：2011-04．26；接受日期：2011-06—25 基金项 目：四川省中医药管理局科技专项(201003)，四川省教育厅基金项 目(08ZB054) 通讯作者：胡建平，电话 ：(0833)2272106，E—mail：hujianping@emails．bjut．edu．cn 摘要：大戟科抗HIV病毒蛋 白 (GAP31)能有效地抑制HIV．1整合酶的整合功能，是一种潜在 的抗AIDS药物。作者对GAP31蛋 白与其底物腺嘌呤 (adenine，ADE)的复合物进行 了5as的 分子动力学模拟 ，从能量和氢键两个角度详细分析 了GAP31与ADE识别 中的关键残基。结果 表 明，ADE主要结合在 GAP31的T71～V80、G111~K120、I161~F170及 F87所构成 的 口袋 中，模拟结果与实验吻合。最后 ，分子整体运动性结果说 明，分子的构象变化更多地与糖基化 相关，与其抑制整合酶的活性关系不大。 关键词：GAP31；腺嘌呤；分子动力学模拟；构象 中图分类号：Q615 DoI：10．3724／SP．J．1260．2011．00875 引 言 喜马拉雅 山的大戟科多花 白树 (Gelonium muhfliorum)种子 中的植物蛋 白GAP31 (Geloniumanti．HIVprotein)，能在细胞水平上多靶点地影响 I型人类免疫缺陷病毒 fhuman immunodeficiencyvirustype1，HIV一1)的繁殖 ，如病毒进入细胞的过程，以及病毒DNA 与宿主DNA整合的过程等。GAP31能在体外抑制H1V．1整合酶的活性 (J 为 1lxmol／L)tn， 而对未感染 H1V．1的人则完全无毒，是一种潜在的抗 AIDS药物 。一系列实验4[5】表 明， HIV一1整合酶通过参与 3’端加工 (3-processing，Y-P)和链转移 (s~andtransfer，ST)两步 反应过程，催化病毒DNA整合到宿主细胞DNA中。在 Y-P反应中，整合酶特异性识别并 切除病毒eDNA 3’端的2个核苷酸，在 3’端形成高度保守的CA二核苷酸序列；在 sT反 应中，病毒cDNA的3’端腺嘌呤 (adenine，ADE)在整合酶的帮助下，通过转脂反应 ，以 3-OH与宿主DNA切 口处的5’端磷酸基团形成新的磷酸二酯键 ，达到共价结合 ；与病毒 DNA的3’端ADE的正确结合，是整合酶发挥sT反应进而完成整合的前提。 此外，美国国家癌症研究所对 58个肿瘤病人的GAP31临床用药研究表明，GAP31能 有效治疗肺癌和脑癌旧。还有研究表明，GAP31能有效抑制单纯疱疹病毒 fherpessimplex 875 生物物理学报 2011年 第 27卷 第 10期 virus，HSV)和人类疱疹病毒 8型 fHumanherpesvirustype8，HHV．8)的复r~lj[7～，并能 有效阻止MDA．MB．231脑肿瘤细胞在小鼠体 内的生长 。除了作用于病毒和肿瘤靶点外 ， GAP3l还能调节宿主细胞中信号转导、凋亡和感染等相关环节的基 因表达罔。实验㈣证明， GAP31中N189的N．糖基化将有利于增加蛋白质的密度和溶解度，对蛋白质的提纯及晶体 解析有较大的帮助。最近，Li等人…]用x．射线方法解析了GAP31-ADE复合物的晶体结 构，发现GAP31主要由8个 仅螺旋和 3个 B折叠片组成，其中，C44和 C50之间形成有较 为稳定的二硫键 。 鉴于GAP31与ADE之间的结合能和识别驱动