Diamond作这种堆积图的教程.pdf

1. 用Diamond 打开cif 文件，堆积的时候选择3*3*3 cells，得图1。 2. pictureview directionView along special axis u,v,w: 填写1 0 1 点击set，然后Complete Fragments，得图2 。此时隐约看见羟 基呈波浪式的层状结构。 3. 保留一层完整结构所需的部分，其余全部删掉，包括All Cell Edges ，得图3 。 4. 将羰基上的氧原子、非羟基上的氢原子以及两个硫原子之间桥上的三个碳原子全部删 掉，它们不参与O–H⋅⋅⋅O 之间的氢键作用，也不与Fe 原子直接相连，此时得图4 。 5. 用platon 计算出结构中的氢键，见图5 。 6. BuildPolyhedraAdd Polyhedra⋅⋅⋅以Fe 为中心原子，Fe 、C、S 和P 为配位原子，得图 6 。 7. PicturePolyhedron designs 将多面体的颜色改为蓝色。将所有与Fe 配位的原子的直径 改为0 （为的是看不到这些原子的小点，应该有更简便的方法，没找到），得图7 。 8. 将P 和O 之间的C 原子改为Wires/Sticks 模型，氧原子显示半径改为0.35，P–C 、C–O 及O–H 键均改为Thick—two colored，radius 为默认的0.05，这样可以使羟基部分更加 清晰，得图8。 9. BuildCreate H-Bonds按照步骤5 种给出的数据创建，除去非经典的C–H⋅⋅⋅S 氢键。 将氢键改为想要的颜色，得图9 。 10. 去掉Coordinae System 和Legend ；改分辨率为1000； 在ToolsPOV-RayGlobal Settings 中设置：Objects Dull; background天蓝色； 然后ToolsPOV-RayRender into Bitmap 就可以了，见图10。