非编码基因和系统生物学.pdfVIP

中国科协第81次青年科学家论坛，北京，2003年11月 非编码基因和系统生物学 陈润生 中国科学院生物物理研究所，北京，100101 长期以来令人惊异与困惑的是：生命并不是一群分子的堆集，它是高度有组织的。生物分子组成细胞， 细胞构成组织，组织形成器官并进而构成系统。细胞核与细胞质有作用；细胞与细胞间有联系；组织与组 织间有分工；器官与器官间有协同。因此一个正常生存的生物个体是极端有序的，是多层次的，是动态的。 他是经亿万年的进化才由无序到有序，由简单到复杂的。不仅生物个体如此，生物群体也是高度有序的整 体，一个生态系统有互利、有竞争。因此，生物体的复杂性并不仅仅表现在DNA信息结构的复杂性上，还 表现在这些信息的实施与运作的规律上。那么，生物体的复杂结构和功能是如何产生与维持的呢?上世纪 六、七十年代开展的非平衡热力学理论就指出平衡态是无序的，而非平衡态才可能是有序的。正常的生物 体是“活”的，他能生长、发育、繁殖和新陈代谢，他是一个不断地与外环境进行物质和能量交换的开放 系统，生物体是远离热力学平衡的，生物体中大量的过程是不可逆的。因而生物才能生存、能进化，是有 序的。这说明：非平衡是有序的起源，或者说是信息的起源。因此，从根本上来说，生命是由于复杂的物 质相互作用产生的。当简单生命出现以后，生命的进化也是由于生物体与环境的相互作用形成的。相互作 用是生命产生与演化的基础，因此，相互作用也必然贯穿于生命活动的每一个环节。 下子进入到分子水平。接着三联体密码和密码表的发现；基因作为DNA分子中编码蛋白质区域的确定；遗 传信息流从DNA—RNA一蛋白质这样的“中心法则”的提出；基因表达调控的操纵子模型的构建以及DNA半 保守复制被证实，构成了一幅遗传信息存储、表达、调节、复制到实现复杂功能的完美图画。使得人们第 一次在分子水平上了解了遗传信息的传递、调节以及这些分子间的相互作用。 自从上世纪八十年代末人类基因组计划一出现，破译人类遗传密码就成为当代人们共同关心的科学问 题。公共数据库中DNA碱基数目呈指数增加，大约每14个月翻一番。它超过了电脑芯片计算能力的增长 古细菌16套，真细菌82套，真核生物15套，包括：酵母、线虫、果蝇、拟南芥、水稻、小鼠等的完整 成的人类基因组序列及其初步的分析，给我们展示了关于人类基因组的一系列较以往更为细致、更为精确 的信息。这些序列中含3—4万个编码蛋白质的基因。基因组的1．1％为外显子，24％为内含子，75％为间 隔序列。目前，数据库中还收集了500多万个代表着人类基因表达小片段的EST(ExpressedSequenceTags) 数据，它大约覆盖了人类基因的95％，冗余度已超过10。近年来增长最快的数据是人类的SNP 2 黄德双，张学工，田捷，刘湘军主编 (single—nucleotide 但在已知SNP中，仅有不到1％的SNP造成蛋白的变化。同时，由于生物芯片、二维凝胶电泳和测序质谱 技术的高速发展和广泛应用，功能基因组和蛋白质组的数据也已大量涌现。这些海量数据为更深入地在分 子层次分析生命活动的规律提供了机会。 通过分析海量数据，科学家们发现：DNA上编码蛋白质的区域(也就是基因)，只占人类基因组的3％， 其余97％左右的DNA序列仍不大清楚其功能，国际上科学家们习惯地把这部分DNA统称为“非编码DNA” 而高等的动、植物则含有大量“Junk”DNA，它们甚至占据着基因组的大部分。这就是说，伴随着生物从 简单到复杂、从低级到高级、从信息少到信息多，非编码DNA不断增加。它意味着“Junk”DNA可能蕴涵 着生物体复杂性的信息并可能参与生物大分子的各种相互作用。近年来大量的新实验结果表明非编码DNA 是可以表达的，其表达产物是许多对生命过程富有活力的信息载体。小RNA(smallRNA)的研究就是最突出 的例子。“Science”周刊2001、2002连续两年将“smallRNA”评选为该年度全球科学十大进展，而2002 年更将其作为进展的第一位。这表明非编码DNA的研究已引起国际上的广泛关注。现在科学家们正系统地 从真菌到植物、从无脊椎动物到哺乳动物，甚至也从低等的原核生物中寻找小RNA基因，并试图确定成百 种小RNA各自的功能；确定哪些物种含有哪类小RNA以及它们在该物种中的行为是什么?小RNA的出现重 新唤起了科学家们对“RNA世界”的重视及对