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t-PA 肽配基的理性设计与应用 刘夫锋，王涛，董晓燕，孙彦 （天津大学化工学院，天津 300072，中国） 摘要：本文利用计算机模拟预测了配基与生物大分子之间的亲和性，进而理性设计出与t-PA 具有较高亲和性 的四肽配基N-Gln-Asp-Glu-Ser-C （QDES ）。合成并固定化此肽配基制得t-PA 亲和层析柱，并利用其成功地从 猪心中分离提取了t-PA ，从而证明了氨基酸定位、片段连接和分子对接等计算机辅助的理性设计方法能方便、 快捷、有效地获得与目标蛋白质具有较高亲和性的肽配基。 关键词：氨基酸定位；分子对接；t-PA；肽配基；亲和色谱 Rational Design and Application of Affinity Peptide Ligand for t-PA LIU Fu-feng, WANG Tao, DONG Xiao-yan, SUN Yan (School of Chemical Engineering and Technology，Tianjin University，Tianjin 300072，China) Abstract: Rational design of affinity tetrapeptide ligands N-Gln-Asp-Glu-Ser-C (QDES) for tissue plasminogen activator (t-PA) using amino acids location methods and flexible docking simulation is performed using the SYBYL program package. The tetrapeptide was selected, synthesized and immobilized to Sepharose. Chromatographic experiments with the immobilized peptide further confirm that the peptide has a strong binding affinity to t-PA. The present work has indicated that the computer-aided design is promising for the rational design of affinity peptide ligands on the basis of protein structure. Keywords: Amino acids location methods; Flexible docking; t-PA; Peptide ligand; Affinity chromatography [1] 亲和层析技术是分离纯化生物大分子物质的最有效手段之一 。在亲和色谱的实际应用 中，配基的选择至关重要。近年来多肽配基作为一种新型的亲和配基，由于具有足够高的特 异性、构象稳定、与目标产物反应温和、理化性好等优点而备受关注。对于多肽配基的获取 目前主要是通过肽库筛选技术，但该技术存在工作量大、筛选灵敏度差、容易造成遗漏等缺 点[2] 。随着分子生物学和计算机技术的发展，越来越多的生物大分子结构被解析。利用药物分 子设计软件对配基与生物大分子之间的亲和性进行预测，这种方法提高了合成化合物的命中 率，减少了化合物的合成数目，双向降低了合成与筛选的成本，缩短研究与开发的周期，因 收稿日期：2006-08-23 基金项目：国家自然科学基金资助项目（No.） 此具有强大的经济效益[3-4] 。根据药物分子设计的基本原理，本文利用计算机模拟理性设计了 与组织型纤溶酶原活化因子（t-PA ）具有较高亲和性的肽配基，并将其应用于猪心t-PA 的亲和 色谱分离纯化中，取得良好的分离效果。 1. t-PA肽配基的理性设计 1.1 氨基酸定位 片段定位法