广东部分海水鱼类虹彩病毒及神经坏死病毒分子流行病学研讨.pdfVIP

摘 要 为了研究广东部分海水鱼类病毒分子流行病学规律及其病毒系统进化规律，本研 究进行以下试验: 试验一;根据GenBank中ISKNV基因组中的MCP,VEGF,mRNA加帽酶和 TNFR四个功能基因设计了四套内外引物，运用本实验室相应的高效套式PCR检测方 法，检测ISKNV及某些在上述功能基因上与ISKNV的具高同源性或具相近分类地位 的病毒对广东部分海水鱼类的早期感染;根据TFV基因组中的MCP设计出套式引物， 运用本实验室套式PCR方法，检侧TFV及某些在MCP基因上与TFV的具高同源性 或具相近分类地位的病毒对广东部分海水鱼类的早期感染;根据NNV基因组中的 MCP设计出套式引物，运用本实验室套式PCR方法，检测NNV及某些在MCP基因 上与NNV的具高同源性或具相近分类地位的病毒对广东部分海水鱼类的早期感染. 试验二;基于ISKNV基因组中的MCP,VEGF,mRNA加帽酶和TNFR等四个 功能基因，用DNA序列分析软件DNAstar中的Clustal方法，对广东部分海水鱼虹彩 病毒ISKNVgd进行分子进化分析，并构建其分子进化树;基于TFV基因组中的MCP 基因，用DNA序列分析软件DNAstar中的Clustal方法，对广东部分海水鱼虹彩病毒 TFVgd进行分子进化分析，并构建其分子进化树. 实验结果如下: 1、在广东的四个海水养殖区中，传染性脾肾坏死病毒 (ISKNV)对鱼类的感染 率，以2003年8-10月的为最高 (总感染率或PCR阳性率为20.5%)，以2003年11 月至2004年I月的为其次 (总感染率为14.3%)，以2003年5-7月的为最低 (总感染 率为6.8%)0 2、在广东的四个海水养殖区中，蛙病毒(TFV)对鱼类的感染率，以2003年8-10 月的为最高(总感染率或PCR阳性率为24.1%)，以2003年5一月的为最低 (总感染 率为0%)e 3、在广东的四个海水养殖区中，神经坏死病毒(NNV)对鱼类的感染率。以2003 年5-7月的为最高(总感染率或PCR阳性率为6.8%)，以2003年8-10月的为其次(总 感染率为6.0%)，以2003年11月至2004年1月的为最低 (总感染率为0%)e 4.基于MCP基因对广东部分海水鱼类ISKNV如病毒进行分类，结果表明:所 有ISKNVgd的MCP基因与GenBank中的ISKNV的MCP基因具高同源性 (在99.6 %以上)。若仅以MCP基因为依据，则只能将所有的ISKNVgd划为一群。 5、广东部分海水鱼ISKNVgd的T，NFR基因与GenBank的同源性高达93%以上， TNFR基因也是一个较保守的基因，可作ISKNV的标志基因:但TNFR基因的保守 性相对MCP基因而言较差，因而依TNFR基因可将ISKNVgd分成三个亚群 (ISKNVgd-I、ISKNVgd-II和ISKNVgd-III):在这三个亚群中，ISKNVgd-I和 ISKNVgd-II的同源性最高。 6、广东部分海水鱼ISKNVgd的VEGF基因与GenBank的同源性高达92%以上， VEGF基因也是一个较保守的基因，可作ISKNV的标志基因:但VEGF荃因的保守 性相对MCP基因而言较差，因而依VEGF基因可将 ISKNVgd分成三个亚群 (ISKNVgd-1,ISKNVgd-2和ISKNVgd-3);在这三个亚群中，ISKNV沙1和 ISKNVgd-2的同源性最低。 7、广东部分海水鱼ISKNVgd的mRNA-CAP基因与GenBank的同源性高达99% 以上，mRNA-CAP基因也是一个较保守的基因，可作 ISKNV的标志基因:但 mRNA-CAP基因的保守性相对MCP基因而言较差，因而依mRNA-CAP基因可将 ISKNVgd分成二个亚群 (ISKNVgd-a和ISKNVgd-b):这二个亚群的同源性达到 99.4-99.8%, 8、广东部分海水鱼TFVgd的MCP基因与GenBank的同源性高达95%以上， MCP基因是一个保守基因，可作TFV的标志基因;依TFV的MCP基因可将TFVgd 分成四个亚群(TFVgd-I,TFVgd-II,TFVgd-III和TFVgd-IV);在这四个亚群中，TFVgd- I和TFVgd-II的同源性最高。 关键词:海水鱼 ISKNV TFV NNV 分子进化