“生物信息方法与工具”课程设置研究.pdf

“生物信息方法与工具”课程设置 王焱郭永青 北京大学医学部计算机教研室，北京 100083 Wangyan03@bjmu．cdu．cn 【摘要】 探讨医药类学校的有关医学信息课程体系设置．系统地规划设置医药信息学课程体系，逐步开 设与现代医学研究手段和方法的相关信息技术的课程，一直是我们在教学改革中研究的主要内容．在医药 类学校针对大学生的计算机基础教学课程安排，应从计算机普及教育逐渐过渡到信息技术纵深应用——医 学信息学、生物信息学转变． 1 引言 随着在医疗行业和医疗相关行业的计算机的广泛使用，从事这些职业的人理解医用信 息的内容、信息的特性和信息系统变成了一种需要；随着人类基因组计划的完成，医学生 物学家面对海量生物学数据以及复杂的调控网络和代谢途径的分析，依靠传统的实验手段 进行生物学数据和调控网络的分析，需要大量的人力、物力、财力以及很长的周期，而借 助现代计算机技术对这些原始数据进行收集、整理、管理，对数据进行比对、分析．建立 计算模型，进行仿真、预测和验证，可以成倍地提高了研究效率和节约研究成本。因此， 多年以来，我们紧跟计算机技术的发展趋势，适应医学计算机应用水平的逐步提高，不断 调整教学内容、改革教学方法、强化信息意识培养。做出了一些尝试，取得一些经验和体 会．在这里与大家共分享。 2 “生物信息学方法与工具”课程介绍 生物信息学从信息学的角度为生命科学的研究提供了一种重要的研究手段一一计算方 法，计算方法和实验方法将发展成为生命科学研究的两个基本方法。基于各种计算方法开 发的生物信息软件不仅极大地提高了生命科学研究的效率，而且降低了研究的成本。另一 方面，海量的、复杂的生物数据处理需要生物信息学在数据存储、计算能力和计算理论方 面有所创新，生物信息学成为信息科学和生命科学交叉产生的一个关键研究领域。 对于医药类专业学生，即使将来不直接从事生物信息学的研究，掌握生物信息方法和 工具也将必然成为未来医药类专业学生的基本素质要求。 本课程面向医药类专业学生，侧重点在于应用。本课程采用实例教学方法，即以一个 特定的基因或蛋白质作为例子，从序列、结构、相互作用等方面，从基因组、表达组、蛋 白质组等层次，简要介绍所涉及的生物信息方法的基本原理、详细讲解各种常用生物信息 数据库资源以及软件的使用。本课程分为上课和上机两部分。时间分配约为3：2。本课程 614 要达到的目标是：经过学习，学生能够综合应用各种生物信息资源和软件，获得有意义的 生物学知识和启发或者为进一步研究指明方向． 3 “生物信息学方法与工具”讲课进度安排 周次 讲课内容 学时 生物信息学概述 ● 研究领域 l ● 研究方法 ． 3 · 软件工具 ● 应用 生物一级数据库 · 核酸序列数据库 2 ● 蛋白质序列、结构、相互作用数据库 3 ● 基因组数据库 ● 检索工具 序列比对与数据库搜索 ● 序列相似性与同源性 3 · 序列比对 3 · 数据库搜索 ·DNA片段组装 多重序列比对与进化分析 ● 多重序列比对 ● 基于距离的系统发生树构建 4 ● 基于特征的系统发生树构建