基质辅助激光解析电离-串联飞行时间质谱与电喷雾离子化-四极杆-飞行时间质谱分析蛋白质.pdfVIP

第37卷 分析化学(FENXIHUAXUE)研究报告 第9期 2009年9月 ChineseJournalofAnalyticalChemistry 1291～1296 基质辅助激光解析电离．串联飞行时间质谱与 电喷雾离子化一四极杆一飞行时间质谱分析蛋白质 倪国新1 朱镭1 马小土1 徐学敏12胡晓芳2 刘建华2 李伟“ 1(上海交通大学系统生物医学研究院，教育部系统生物医学重点实验室，上海200240) 2(上海交通大学生命科学技术学院，上海200240) 摘要为比较基质辅助激光解析电离一串联毪行时间质谱(MALDI—TOF—TOF)和电喷雾离子化一四极杆-飞行 时间质谱(ESI—Q-TOF)在蛋白质定性和定量分析方面的性能，分别利用两种仪器对用于相对和绝对定量的等 量异位标签(iTRAQ)标记的雌激素刺激前后MCF7细胞内的蛋白质水解产生的多肽进行了定性和定量分析。 3种为相同的蛋白质。实验数据说明，两种仪器在蛋白质定性和定蛩分析方面有很大的互补性，将两种仪器 结合使用，不仅能够显著提高蛋白质定性和定量分析的覆盖率，而且可提高分析的置信度。 关键词等量异位标签，基质辅助激光解析电离．串联飞行时间质谱，电喷雾离子化-四极杆-飞行时间质谱， 定性分析，定量分析 1 引 言 方法。这两种方法在多肽离子化方面具有很大的互补性…。研究表明，MALDI有利于碱性氨基酸残基 的离子化口J，ESI有利于疏水氨基酸残基的离子化口]。ESI源由于可与液相色谱分离的洗脱物在线连 接，冈此已成为蛋白质组学分析巾广泛采用的离子化方式。但这种分析流程受到质谱分析的循环时间 范围。由于多肽洗脱峰是离线收集的，凶此不受质谱分析循环时间的限制。现阶段蛋白质组学定性和 定量研究主要采用“鸟枪法”(Shotgun)进行，保证定性和定量的特异性的同时提高蛋白质鉴定的覆盖 率，是一个迫切需要解决的问题。 定量蛋白质组学是功能蛋白质组学研究的莺要组成部分。稳定性同位素标记结合在线或离线的液 相色谱(LC)串联质谱(MS／MS)分析是目前定量蛋白质组学研究所采用的主要技术路线之一。常见的 amino incell 稳定性同位素标记方法包括SIIAC(Stableisotopelabelingby acids culture)体内代谢标 forrelativeandabsolute 记‘4。、ICAT(Isotope．codedaffinitytags)‘5|、iTRAQ(Isobarictags quantification)‘61、 方法只能用于含有半胱氨酸的多肽标记和两组样品I’日J的比较。iTRAQ可高效率标记赖氨酸残基和Ⅳ一 末端的氨基，能同时进行4～8种样品的比较分析，而且适用于所有来源的蛋白质样品，因此在进行多个 两种仪器不仅采用小同的离子源，而且质量分析器构成也不同。前者的质量分析器是由两个飞行时间 of (Time 有研究者对上述两种仪器在大肠杆萧DNA结合蛋白质鉴定上的性能进行过比较一1，但至今未见有关两 种类刑仪器在复杂蛋白质混合物定量分析上的性能比较报道。为了比较这两种仪器在iTRAQ标记样 DI—TOF—TOF和ESI—Q．TOF的分析性能。 2008一12-29收稿；2009-06-05接受 本文受周家重点基础研究发展规划项目(No．2006CBoD0loo)资助 }E—mail：liwei@sjLu．edu．ca 1292 分析化学 第37卷 2 实验部分 2．1仪器与试剂 XL MS／MS系统、TempoNano—LC分离点 HPl200毛细管液相色谱系统(美国Agilent公司)；QStar 靶系统和4800MAI。DI．TOF—TOF蛋白质分析仪(美国AppliedBiosystems公司)。