生物信息学蛋白质组分析.PPT

生物信息学第七章 蛋白质组分析 毛理凯 本课目录 引子 蛋白质结构预测 蛋白质组分析 一、引子 单个蛋白 涉及的问题 结构预测(2D, 3D) 物理化学性质 功能 空间位置 研究方法 提取 纯化 制作晶体,决定结构 理解机制,功能 多个蛋白 涉及的问题 表达过程(DNA?RNA?蛋白,调控网络) 相互作用(yeast two-hybrid,亲和层析) 蛋白家族(family) 检测(2D,质谱仪,蛋白质芯片) 研究方法 基因组测序 蛋白预言 计算机分析结构 理解机制,功能 蛋白的四级结构 一级结构(primary) 氨基酸序列 二级结构(secondary) α螺旋,β片层,... 三级(维)结构(tertiary) X光: 80%的蛋白(需高浓度,结晶) 核磁共振(NMR): 磁场,350aa 四级结构(quaternary) 亚基之间特定的空间关系 蛋白结构的主要仓库 – PDB 始建于1971 32000个结构数据(其中约3万是蛋白) 用”PubMed”搜蛋白结构(NCBI) 进入”PubMed” 选择”Structure” 输入要找的蛋白名称或ID号等(如RecBCD, E. coli DNA repair) 点击”Go” 点击感兴趣的结果(1W36,进入MMDB) 结果列表中包含相关蛋白(powered by BLAST)、文献、结构域(domain)、配体(ligand)、3D缩略图、三维查看器 在MMDB看搜到蛋白的结构(NCBI) MMDB (Molecular Modeling Database): NCBI的大分子三维结构数据库 Chen, J. 2003 数据来自PDB 打开的单个蛋白的页面中包括 文献、简单描述、入库日期、物种(taxonomy) 该蛋白的PDB, VAST链接(entire chain/View 3D Alignment) 三维查看器(Cn3D) 分子成分(图): chain, 3D domain, classification/family, ligand 点击其中的PDB (RCSB)链接,显示 三维结构实验数据 蛋白分类 SCOP链接: 结构域(家族,超家族) CATH链接: 域, Class, Architecture, Topology, Homology GO链接: 功能,过程,细胞组成 更多信息 生化性质,配体,SNP (Sequence Details)图形显示各域的分布,类别,DSSP二级结构,PDP域 更多外部链接(对于RecBCD多达26个) 更多有用的链接 PDB的外部链接中Compute pI Mw点击Chain B (可计算各链分子量) 在打开的Compute pI/Mw页面中点击EX5B_ECOLI (ExPASy,大量信息,链接) 在打开的UniProtKB/Swiss-Prot页面中点击EcoCyc:EG10824-MONOMER (biocyc,参与的反应/路径图) 二、蛋白质结构预测 蛋白结构与人类疾病 (重要性) 一些单氨基酸(aa)突变可引起蛋白结构的重大变化 CFTR的ΔF508突变改变螺旋结构,从而改变其功能 另一些变化则不明显 一些蛋白引起的疾病 囊肿性纤维化(cystic fibrosis): CFTR 镰刀性贫血: 血红蛋白 疯牛病: 朊蛋白 阿尔兹海默氏征: 淀粉样前体蛋白 蛋白质二级结构及类型 蛋白质二级结构及类型 蛋白二级结构预测算法 Chou和Fasman(1974)的算法(经验参数法) 基于氨基酸出现在螺旋,折叠,转角的频率 经验性方法 例如: proline只出现于转角,不出现于螺旋 相关算法: GOR (Garnier, Osguthorpe, Robson) 蛋白二级结构预测算法 现代算法 多序列比对, 人工神经网络等 从结构数据库中提取结构形成的规则,建立未知结构蛋白的模型 成功率更高(70-75%) 第三代算法(考虑多条序列) 运用长程信息和蛋白质序列的进化信息 准确度有了比较大的提高 蛋白二级结构预测算法 GOR方法 基于信息论和贝叶斯统计学 不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的影响,而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响 Lim方法(立体化学方法) 氨基酸的理化性质对二级结构影响较大 如疏水性、极性、侧链基团的大小等 蛋白二级结构预测网站 GOR4 “pubmed”得到RecBCD序列(注意删除数字) 输入序列,点击”submit” Jpred NNPREDICT PHD (利用进化信息) Predator PredictProtein PSIPRED SAM-T99sec 蛋白三级结构研究方法 实验方法 X光晶体衍射 核磁共振(NMR) 计算方法 从头算方法(ab initio/de novo)/理论分