生物信息学概论课件.pptVIP

* * 各学科参与、协作：生命科学、数学、物理学、化学、计算机 科学、材料科学以及伦理、法律等社会科学…… ? 首要科学问题 如何找到记载在基因组DNA一维结构上控制生命时间、空间 的调控信息的编码方式和调节规律。 应用数学、复杂系统理论、信息论、非线性科学…… 催生?生物信息学、计算生物学 ? 芯片技术 交叉性技术领域：物理学、微电子信息技术、生化技术、信 息技术、自动化、材料科学…… ? 结构生物学 前沿领域之一：生物物理学、生物化学、晶体学、波谱学、 光谱学以及X射线晶体衍射技术、核磁共振技术…… * * 生物学数据的收集、存储、管理与提供 基因组序列信息的提取和分析 功能基因组相关信息分析 生物大分子结构模拟和药物设计 生物信息分析的技术与方法研究 应用与发展研究 生物信息学的主要研究内容 * * 基因组 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR 生物分子数据的收集与管理 * * 数据库搜索及序列比较 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 * * 基因组序列分析 遗传语言分析——天书 基因组结构分析 基因识别 基因功能注释 基因调控信息分析 基因组比较 * * 基因表达数据的分析与处理 基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热 点和重点 目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分 析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基 础上寻找相关基因，分析基因的功能 所用方法主要有：相关分析方法、模式识别技术中的层次式聚类方法、人工智能中的自组织映射神经网络、主元分析方法 等 表达数据缺点：仅反映mRNA丰度，噪声，… * * 蛋白质结构预测 蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定，蛋白质结构预测成为了解蛋白质功能的重要途径 蛋白质结构预测分为: 二级结构预测 空间结构预测 蛋白质折叠 * * 二级结构预测 在一定程度上二级结构的预测可以归结为模式识别问题 在二级结构预测方面主要方法有： 立体化学方法 图论方法 统计方法 最邻近决策方法 基于规则的专家系统方法 分子动力学方法 人工神经网络方法 预测准确率超过70%的第一个软件是基于神经网络的PHD系统 * * 空间结构预测 在空间结构预测方面，比较成功的理论方法是同源模型法 该方法的依据是：相似序列的蛋白质倾向于折叠成相似的三维空间结构 运用同源模型方法可以完成所有蛋白质10-30%的空间结构预测工作 * * 生物信息学所用的方法和技术 1、数学统计方法 (高维、样本量的问题) 2、动态规划方法 3、机器学习与模式识别技术 （从数据中学习） 4、数据库技术及数据挖掘 5、人工神经网络技术 6、专家系统 7、分子模型化技术 8、量子力学和分子力学计算 9、生物分子的计算机模拟 10、因特网（Internet）技术(Grid计算) 。。。 发展趋势及研究热点 * * 系统生物学(Systems Biology)： 由分析为主走向分析与综合并举的系统方法 微观?还原论 整体?系统论 统一生物学(General Biology)： 探索生命活动本质，产生统一的生命观和统一的生物学 实验、理论、计算生物学： (Experimental, Theoretical, Computational Biology ) 生命科学与数、理、化、计算机等学科的大综合、大交叉 生物技术的产业化(Biotechnology)： 基础研究转化为生产力 生物工程技术?农、林、医药 现代生命科学发展趋势 * * 生物大分子的结构与功能研究 基因组与细胞的研究 基因组比较研究 关于遗传、发育、分化、进化的综合理论研究 脑科学和神经科学研究 行为科学研究 生态学研究 人体功能研究 研究手段： 实验、理论、计算相结合 现代生命科学发展热点 * * 生物信息学当前的主要任务 当今生物信息学界的大部分人都把注意力集中在基因组、蛋白质组、蛋白质结构以及与之相结合的药物设计