翡翠贻贝（Perna+viridis）线粒体COI片段序列特性和香港巨牡蛎（Crassostrea+hongkongensis）线粒体基因组全序列研究.pdf

翡翠贻贝线粒体COl序列特性和香港巨牡蛎线粒体基因组全序列研究 翡翠贻贝线粒体C0I片段序列特性和香港巨牡蛎线粒体 基因组全序列研究 中文摘要 edulis，M 由于在双壳贝类中(Mtrossulus,Mgalloprovincial虹M californianus，菲律宾蛤仔，罗纹贻(Geukensia demissa)，以及珠蚌科的 Pyganodon 文拟初步探讨一下与紫贻贝位于同一个科的翡翠贻贝Pernaviridis是否具有双单 行了初步的系统分析。 应用通用引物COIL1490和COIH2198对翡翠股贻贝的性腺和体细胞线粒 的COI片段，发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型，即体内只有一种 线粒体DNA类型，没有发现双单性遗传现象，雌、雄性腺的COI基因片段变异率 很低(0．31％)。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树，对 Pperna之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。 香港巨牡蛎(Crassostrea Premier5．0设计并筛选了10对引物， (Cvirginica，AY905542)全序列，用Primer 获得了10个片段，测序并拼接，得到了香港巨牡蛎线粒体基因组全序列，其长 和1个主要非编码区的完整序列，除主要非编码区外，测定序列中还存在1546bp 的间隔子分散在线粒体基因组中。确定了各基因在线粒体上的排列位置。与太平 洋牡蛎和美洲牡蛎相比，香港巨牡蛎线粒体基因组中没有发现基因重排。 翡翠贻贝线粒体COl序列特性和香港巨牡蛎线粒体基因组全序列研究 计算了全序列的碱基组成，蛋白编码基因，tRNA，rRNA以及间隔子和非编 码区的碱基组成，在全序列中A+T含量为65．4％，蛋白编码基因的A+T含量为 隔子的A+T含量为72．1％，主要非编码区的A+T含量为77．8％。以轻链核酸序 ND4蛋白编码基因有一个碱基的重叠外，其他的基因均被tRNA基因和间隔子间 隔，间隔子从1到294bp不等。 分析了各基因的片段的序列特征，发现线粒体基因组中蛋白编码基因存在 b基因的起始密码子为ATA，和美洲牡 ATG、ATA两种常见的起始密码子，Cyt 蛎以及太平洋牡蛎的略有不同。终止密码子只有口姨和T(仅有ND4L基因) 两种。研究tRNA基因潜在的二级结构发现氨基酸接受臂和反密码子环在种间没 有较大变异，变异主要集中在TWC环和臂。 对线粒体基因组中各基因的进化速率进行了比较。结果表明，各基因进化速 率为脱氢酶亚基基因和细胞色素b基因ATP酶亚基基因细胞色素氧化酶亚 最快的基因，而在NADH中进化最快的则是ND2和ND6基因。 Heteroconchia亚纲的菲律宾文蛤为外类群，研究了翼型亚纲牡蛎目牡蛎科巨 牡蛎属的香港巨牡蛎、太平洋牡蛎和美洲牡蛎与贻贝目贻贝科的紫贻贝 irradians) 之间的系统关系。采用从单一基因到多基因结合到线粒体基因组的方式对系统关 在系统树中，香港巨牡蛎和太平洋牡蛎首先聚为一支，且随着基因数的增加支持 率增加，用所有基因构建系统树时支持率达到100％。这表明了多基因相结合用 作系统分析可以弥补单一基因由于功能、进化方式等方面的限制而带来的弊端， 多基因能较全面的揭示研究种之间的系统关系。因此线粒体基因组可以比较准确 的揭示物种间的系统关系，对于分类地位相差较远的物种间的系统分析，线粒体 基因组是非常有用的标记。 与牡蛎属现有研究结果相比，用16srRNA基因和COl基因计算的种间遗传 ll 翡翠贻贝线粒体COl序列特性和香港巨牡蛎线粒体基因组全序列研究 距离与其他研究者所计算的遗传距离基本一致。随着系统分析所用基因的增多， 计算的种间遗传距离趋向于用线粒体中单一基因计算的遗传距离的平均值。因此 认为基因结合适合