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应用随机扩增多态DNA标记进行的遗传分析 多年来，遗传学准则被应用于作物品种的改良，并取得了巨大的成就。一些作物物种，尤其是玉米、小麦和番茄，因为对粮食的首要重要性，它们被当作模式遗传系统。最近，在育种和模式遗传系统中取得的进展实际上依赖于一个基因型的表型分析。因为特征遗传可 能性的一个功能是以表型为基础的基因分析或是选择方案的效率，所以像环境、多基因性的和定量的继承物、或者部分的和完整的显性经常打乱一个基因特征的表达。通过基于DNA的诊断分析来直接鉴定基因型，可以减轻许多表型分析的困难。因此，基于DNA的遗传性标记将来能被整合进一些植物系统中，期望能够在将来的植物育种中发挥重要的作用。 以DNA为基础的诊断标记的功效很大程度上是由用于显示DNA多态性的技术决定的。当前，选择许多物种的技术是限制性片段长度多态性分析。限制性片段长度多态性分析通过限制性内切核酸酶消化检测DNA多态性，同DNA点杂交联系在一起，限制性片段长度多态性分析一般来说是正在消费的时间和集中的劳力。在过去一些年中，聚合酶链式反应技术曾引起一些新颖的基于选择的DNA扩增的遗传学分析方法的发展。这些新分析方法优点中的其中一个是比起传统技术来它们更容易控制以实现自动化。同时，它们容易执行，而且更适合于这样的实验：很多个个体的基因型由少数基因位点决定的。很遗憾，由于DNA序列信息的一个前提条件，这些分析方法在应用上受到限制。 几乎两年前，一个新的遗传学分析方法是独立的由两个不同的实验室发展出来的（Welsh and McClelland，1990；Williams 等，1990）。这个程序被我们称为RAPD-随机扩增多态DNA分析，它仅用一个随意的核苷酸序列的简单引物来进行DNA扩增分析，从而检测核苷酸序列的多态性。在这个反应中，一个单一物种引物同DNA模板的两条相反的链上的不同位点的DNA序列结合。如果这些引物结合位点在彼此的一个可扩增的距离内，一个分离的DNA产物通过循环扩增产生。每个扩增产物的存在能够识别在基因DNA和寡核苷酸引物之间的存在于扩增产物的每个尾端的完整的或部分的核苷酸序列同族性。平均起来，每个引物会指导基因组中的一些分离位点的扩增，从而使分析方法成为审查不同个体之间核苷酸序列多态性的有效途径。例如，发现RAPD多态性的频率在拟南芥中显示为每0.3个引物，在黄豆中为每0.5个引物，在玉米中每一个引物，在粗糙链孢菌中为每2.5个引物。这种分析方法的主要优势是不需要DNA的序列信息。草案同时执行起来非常快捷和简单，使用荧光性代替了放射性（Williams 等，1992）。因为RAPD技术是以扩增为基础的分析方法，所以仅需要毫微克数量的DNA，并且自动化是可行的。 1 RAPD分析的应用 在过去的两年里，有一些RAPD分析方法的应用得到了发展。这些技术中的每一个都提高了RAPD分析中的DNA序列多态性检测的效率。RAPD技术为以前从未获益于分子标记使用的生物学系统提供了基因分析的工具，从而很快获得了广泛的认可和应用。 1.1 遗传图谱的发展 过去在实践中首批使用RAPD标记，其中在建立高密度遗传图谱中曾使用过。通过使用一个更有效的分析方法，Reiter等人（1992）在仅仅每人四个月的时间内成功将超过250个新基因标记插入一个重组近亲繁殖的拟南芥种群中,无疑证明了RAPD标记物能够快速精通一个总体的和局部的遗传图谱的功效。 在历史上，许多重要作物系统缺乏基因标记。例如，对针叶树的遗传联系分析进行很慢，主要是归因于其基因组的庞大和产生隔离的F2代而固有的困难（Carlson 等，1991）。Carlson等（1991）和Chaparro 等（1992）在最近曾展示：RAPD分析的快速和效率使针叶树的图谱制作成为合理的尝试。例如，Chaparro等（1992）在仅仅每人六个月的时间里能够制出火炬松一个191 标记的RAPD图谱。拟南芥和火炬松的遗传图谱以前所未有的速度合成，同时利用了每个系统的独一无二的生殖生物学。 因为RAPD多态性是核苷酸碱基改变的结果，核苷酸碱基变化改变了引物结合位点，或者导致扩增区域内的插入和删除（Williams等，1990；Parks等，1991），多态性由一个单个位点的扩增产物的存在或缺失表现出来。这也意味着RAPD技术趋向于仅提供显著的标记物。包含一个等位基因的两个复制体的个体们在数量上并不区别于这些仅包含这个等位基因的一个复制体的个体们。用突出的标记作图的缺点是标记受到排斥，例如标记定位在分离的染色单体上，这些能够在F2代中发现，所以这些标记只能提供很少的信息给基因距离的估计。因此，当用突出的标记作图谱时，仅仅耦合的标记能够工作，定位在一个单链染色体上的免疫电泳标记能在回交的或重组的近亲繁殖的群体中发现，也能在单倍体的或