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如何在线粒体基因组中搜索tRNA 熊荣川 六盘水师范学院 xiongrongchuan@126.com 线粒体基因组数据分析的一个重要组成部分就是在数据中搜索转运 RNA （tRNA ）,常常使用 的工具软件是tRNAscan-SE，由于该软件官网上只有Unix 系统的源代码，所以无法方便的下 载程序进行本地运算搜索，所以通常需要到官网上使用作者提供的服务器进行，网址如下 /tRNAscan-SE/ 下面我们就以该服务器的使用来说明怎样进行线粒体基因组中tRNA 的搜索。我们以最近发 表的线粒体基因组HQ324232 为例。 在genbank 中使用索取号HQ324232 搜索并下载到该物种Nanorana pleskei 的线粒体基因组 保存为文件Nanorana pleskei.fasta 登录tRNAscan-SE 服务器 /tRNAscan-SE/ 在搜索模型 （Search Mode ）中选择 “tRNAscan- Cove ”，数据来源（Source ）中选择 “Mito/Chloroplast” 在提交序列文件选项（submit a file ）中选择序列文件，并选择通过E-mail 接收结果（Receive results by e-mail instead） 另外还有在扩展选项（Extended Options）中的密码子类型选择线粒体密码子 提交请求， 通常提交之后，可能因为网络原因，结果网页无法显示，但是结果会发到邮箱里面来，这也 是我们主张选择把结果发到邮箱的原因。当然如果能在网页上显示结果更好，因为有查看结 果二级结构的选项。 结果如下： tRNA Search Results: tRNAscan-SE v.1.23 - scan sequences for transfer RNAs Please cite: Lowe, T.M. Eddy, S.R. (1997) tRNAscan-SE: A program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence Nucl. Acids Res. 25: 955-964. This program uses a modified, optimized version of tRNAscan v1.3 (Fichant Burks, J. Mol. Biol. 1991, 220: 659-671), a new implementation of a multistep weight matrix algorithm for identification of eukaryotic tRNA promoter regions (Pavesi et al., Nucl. Acids Res. 1994, 22: 1247-1256), as well as the RNA covariance analysis package Cove v.2.4.2 (Eddy Durbin, Nucl. Acids Res. 1994, 22: 2079-2088). Sequence tRNA Bounds tRNA Anti Intron Bounds Cove Name tRNA # Begin End Type Codon Begin End Score Your-seq 1 209 278 Phe GAA 0 0 30.20 Your-seq 2 1213 1282 Val TAC 0 0 30.63 Your-seq 3 2874 2946 Leu TAA 0 0 28.25 Your-seq 4 3905 39