[农学]生物信息学10.ppt

I81: 理论基础 在80个以上残基的比对中，一致性达到25%以上的序列采用的是相同的基本结构。这是比较建模预测的理论基础。 target sequence template structures I82: 内容 比较建模所必需的是目标序列和模板结构序列之间的比对。 从用户的角度来看，比对过程是比较建模法中最关键的步骤。 因此，有必要从结构和功能的角度来检查比对结果的有效性。 e.g. key structural residues: cysteines, glycines or prolines. Key structural residues Key functional residues key structural residues: cysteines I82: 内容 模板结构可以通过标准的序列相似性搜索的方法来找到。 该方法的主要限制是缺乏合适的模板结构，但结构基因组学计划正在改变这个局面。 I83: 过程 已知结构（模板）作为结构预测的基础。这个过程从概念上看包括保守核心残基的定位、可变回环的模型化、侧链的定位和优化，以及模型的提炼。保守残基和一些侧链的位置可以直接从模板结构信息中推导出，可变回环的建模常利用备件算法，对于侧链的定位也有精密的算法来获得优化包裹的疏水核心。 I4: 结构数据的获取、展示和分析 I41. 获取数据 I42. 结构的可视化 I43. 结构和功能位点分析 I41: 获取数据 通用搜索引擎: SRS and NCBI 专业搜索引擎: RSCB: /pdb I42: 结构的可视化 常用的观察结构数据的程序: RasMol; TOPS: http://www.tops.leeds.ac.uk I43: 结构和功能位点的分析 PDBSum: 包含了清晰的结构数据摘要和对结构数据库每一条目的分析，这些条目都可以通过访问号来访问，其提供的信息包括二级结构、二硫键位置、配体结合位点、活性位点、关键残基、分子间相互作用图、折叠拓扑以及酶的EC号等信息。 I43: 结构和功能位点的分析 SURFNET: 该软件能够帮助确定蛋白表面潜在的功能位点，特别是酶的活性位点。然后考虑这些位点的结构能揭示该新结构的何种可能功能。 预测蛋白表面任何潜在位点的实际功能仍是目前生物信息学研究的一个前沿课题。 I5: 结构比对 I51. 结构比对 I52. 软件 I53. 结构相似性 I54. 结构相似性搜索 I51: 结构比对 要在关系非常疏远的蛋白序列之间找到正确的、有生物学意义的比对是很难的，因为它们只含有极少比例的相同残基。但在这种情况下，结构信息能帮上忙，因为进化往往尽量少地改变结构。叠加相似结构的骨架以发现相同结构残基的过程被称为结构比对。 I51: Structural Alignment I52: 软件 DALI: http://www.ebi.ac.uk/dali I53: 结构相似性 结构比对方法通常会创建衡量结构相似度的尺度。最常见的衡量尺度是RMSD（root mean square difference），许多程序都用这个标准，它是指最佳结构重叠中比对残基的α碳原子间位置的均方差。 RMSD = [sum(di2)/N]0.5 I54: 结构相似性搜索 我们常常需要搜索序列数据库以查询某一序列的相似序列，同样，有时我们也需要搜索结构数据库以查询与某一结构相似的结构，这也是很有意义的。 Web-based search engines: DALI; SSAP;TOPS;VAST and RCSB I6: 已知三维结构的蛋白分类: CATH 和 SCOP I61. 为什么进行蛋白结构分类? I62. 分类的例子 I63. 结构种类 I64. 折叠或拓扑 I65. 同源体与相似体 I66. 超折叠 I61: 为什么要将蛋白质进行结构分类? 蛋白质结构在进化中要比蛋白质序列保守得多。因此，根据结构的标准对蛋白质进行分类是把蛋白质划分为各种家族的最有效的方法，可以揭示远距离的进化关系。 蛋白质结构分类的方法主要依据序列比较方法和结构比较方法。 I62: Example Classifications CATH: http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop I63: Structural Class (CATH, SCOP) C A T H I63: Structural Class (CATH, SCOP) Root AlphaBeta Few SSEs Beta Alpha Barrel Roll TIM barrel FMN linked (1gox) Al