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Gaussian 的Link、IOp与非标准计算路径 Gaussian 的Link、IOp与非标准计算路径 文/Sobereva 2010-MAR-9 1. Gaussian程序的基本结构 高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的，它们被称为Link，在它们之间通过临时 文件来传递数据，最主要的是rwf文件，每个Link 的功能在高斯手册里都有简单介绍。Link 间的调用顺序实际上是随意的，但是只有某些固定顺序的调用 （还包括循环、分支、跳转方 式的调用）才有意义，才能完成特定的任务。每个Link对应的可执行文件名的通式为 lyyxx.exe，例如L314对应的可执行程序l314.exe就是yy=3、xx=14。yy代表的是这个Link 所属的overlay，也称为层，功能相近的子程序被归在一层，如overlay6主要是分析波函 数，所以包括了L60 （布居数和相关的分析）、L607 （NBO分析）、L609 （AIM分析）等子 程序。同一层的Link也经常连在一起被调用，如L30 、L302、L303、L3 、L314它们总是 连在一起调用来完成基组的设定和电子积分。 L0、L 、L9999相对其它Link较为特殊，它们并不用来执行实际的计算，而且不论何种任 务，它们都一定会执行。 L0：在程序最开始执行，用来初始化运行环境。与L0对应的程序并不叫L0.exe，若在高斯 03中，dos版本它就对应g03.exe，windowsGUI版本就是g03W.exe，unix版本就对应g03。 L0会创建L 进程，然后在全部Link调用结束前会一直保持睡眠状态。L0还会把输入文件 复制成一份 “内部输入文件”到用户设的scratch 目录中，其名字在windows版本下就是 gxx.inp，在unix版本下为 “进程id 号.inp”，任务正常结束后会被自动删掉，其内容相 对于输入文件没有了注释行（开头为!的行），并且用@来引用的外部文件会在其中被展开。 L ：被Link 0所调用。用来初始化临时文件、解析输入文件中route section段落的关键 词、生成调用以后Link所需的命令行指令。L 和L0共同组成overlay 0。 l9999：最后一个被调用的Link，进行任务的扫尾工作。它确保最重要的信息已写入chk， 输出第三方程序所需的文件（如.wfn波函数文件），生成档案条目（是指在格言之前输出 的那段计算数据的紧凑描述），输出古怪的格言，最后结束整个任务。 2. 内部选项(IOp,InternalOption) 每个Link都有其IOp，各个选项的选项值决定了这个Link如何运行，每个IOp的解释可以 在高斯官方网站查到，遇见个别查不到的，需用《察看Gaussian全部IOP的方法》 （/sobereva/blog/item/4307 096b0104c83bc76319.html）文中的方 法。 在routesection段落所指定的计算任务和方法被L 所解析后，哪些Link会被调用，并且 以什么参数来调用就确定了。例如#HF/STO-3G会被解析成下面这样，称为非标准路径（不 同高斯版本解析出的结果可能有些不同）： 1/38=1/1; 2/17=6,18=5,40=1/2; 3/6=3, =9,16=1,25=1,30=1/1,2,3; 4//1; 5/5=2,32=1,38=5/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1; 99/5=1,9=1/99; 上面每行内容格式是：yy/选项=数值,选项=数值.../xx1,xx2,xx3...;。例如第5行，yy=5， xx=2说明要调用L502，并且令其选项5的值为2、选项32的值为 、选项38的值为5。再 例如第3行，说明要调用L30 、L302、L303，并且将选项6的值为3、选项 的值为 9... 选项30的值为 这样的设定传递给它们，属于同一层且在同一行的Link会共享IOp设定。 解析出的内容并不是把所有选项和赋值都列出来，选项的值如果是默认的就不会被列出，一 般各个IOp默认的值都是0。例如第四行，说明以各个选项都用默认值的方式来调用L40 。 可 以用IOp关键字修改各层选项的值，格式为IOp(层/选项=值,层/选项=值...)，比如route section多填上IOp(3/40=2,3/ =1,4/9=2)，则第三行成了 3/6=3, =1,16=1,25=1,30=1,40=2 /1,2,3;，第四行成了4/9=2/1;。 给某个Link传递它本身并没有的选项设定等于没有传递。例如freq任务被解析出的内容会 有7/8=1,10