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第六章 序列比对 Sequence Alignment 6.1 Pairwise sequence alignment is the most fundamental operation of bioinformatics • It is used to decide if two proteins (or genes) are related structurally or functionally • It is used to identify domains or motifs that are shared between proteins • It is the basis of BLAST searching • It is used in the analysis of genomes 6.2 序列比对的进化基础 由于受到研究进化关系这一目的的影响，大多数比对方法很 自然地都希望能够在某种程度上建立起分子进化的模型。 通常都假定同源序列是从某一共同祖先不断变化而来。 从祖先序列以来所发生的变化包括取代、插入以及缺失。在 理想情况下，同源基因或蛋白质序列在相互比较时，残基之 间相互对应，从而使取代的情况很明显地表现出来。在某些 位置，一个序列中拥有某些残基而另一个序列中缺少这种残 基，表明这些残基是插入到前者或是从后者中丢失的。 Pairwise sequence alignment allows us to look back billions of years ago (BYA) Origin of Earliest Origin of Eukaryote/ Fungi/animal life fossils eukaryotes archaea Plant/animal insects 4 3 2 1 0 6.2 序列比对的进化基础 Similarity Homology Identity 41% 老鼠和小龙虾的胰蛋白酶，相同的残基用下标线标出，在比对上方标出的是三 个二硫键（-S-S ），这些二硫键中的半胱氨酸残基极为保守，打星号的残基的 侧链参与电荷传递系统，打菱形符号的活性位点的残基负责底物的特异性。 在比对中，某些位置的氨基酸残基相对于其它位置的残基 具有较高的保守性，这个信息揭示了某些残基对于一个蛋白质 的结构和功能是极为重要的。 当一个基因适应了一个新的功能时，保守位置通常也会发 生一些形式上的变化，比如，当蛋白具有催化功能时，活性位 点的残基相当保守，而当蛋白功能改变时，这些残基将会发生 漂移。 另一方面，某些保守位置对蛋白功能并无太大的重要性。 两个基因或蛋白质具有惊人的相似性时，一般认为它们 之间具有一段共同的进化历程，具有相似的生物学功能。 例如，ζ-晶状物是脊椎动物眼睛里晶状体基质的组成 部分，根据序列相似性的基础，它在E.coli中的同源物是代 谢酶苯醌氧化还原酶。这就好象火车变成了铁路餐车，对 二者的外部结构的观察揭示了它们结构的历史。 最佳全局比对：对人类ζ-晶状物（Swiss-Prot Q08257）和E.coli苯醌 氧化还原酶（Swiss-Prot P28304）的氨基酸序列进行比对。这是