蛋白质二级结构的氨基酸紧邻位效应和二肽构象因子Nearest.PDFVIP

2005 年第 63 卷 化 学 学 报 Vol. 63, 2005 第 12 期, 1121～1126 ACTA CHIMICA SINICA No. 12, 1121～1126 ·研究论文· 蛋白质二级结构的氨基酸紧邻位效应和二肽构象因子 吴 迪 缪 强* 王志林† (南京大学化学化工学院 南京 210093) 摘要 提出了蛋白质二级结构中的氨基酸 C 端和 N 端邻位因子以及二肽构象因子. 基于对蛋白质数据库 PDB105 版全 库的分析, 讨论了 N 端和 C 端邻位对氨基酸二级结构倾向性的影响, 讨论了二肽序的二级结构倾向性. 发现有些氨基 酸的邻位因子对和二肽序对的二级结构构象因子差别较大, 表明这些氨基酸对其 N 端和 C 端邻位的影响不对称. 关键词 蛋白质二级结构; 构象因子; 邻位效应; 二肽构象因子 Nearest Neighbor Residue Effect of Amino Acids and the Secondary Structure Conformations of Di-peptide in Proteins WU, Di MIAO, Qiang* WANG, Zhi-Lin (Department of Chemistry and Chemical Engineering, Nanjing University, Nanjing 210093) Abstract The secondary structure conformations of amino acids were improved, the nearest neighbor residue effect was considered, and the secondary structure conformations of di-peptides were obtained based on the Protein Data Bank (release #105). The neighbor effect differences of C and N terminals as well as the conformation differences of dipeptide order were also discussed. Keywords protein secondary structure; the conformation of secondary structure; neighbor effect; dipeptide conformation 蛋白质的二级结构作为蛋白质结构信息的重要组 简单的一种方法, 许多研究者在 Chou-Fasman 工作的基 成部分, 一直受到广泛关注[1～5]. 对蛋白质结构的多方 础之上对氨基酸在蛋白质二级结构中的倾向性进行了 位理解、对高级结构的准确预测, 是蛋白组学研究的重 实验、统计和理论计算[7～ 14], 并按对一级序列、氨基酸 要内容之一 . 国际蛋白质结构数据库 PDB[1] (Protein 侧链以及蛋白质分类等可能的影响因素进行了分析. 邻 Data Bank, )是目前最完全、最权威的 位氨基酸对于蛋白质二级结构的影响, 是蛋白质二级结 蛋白质三维结构数据库. 随着蛋白质测序研究的进展, 构形成过程中不可忽略