[生物学]2 蛋白质结构与功能1.ppt

肽键数=脱去水分子数 肽链数+肽键数=氨基酸数 80个氨基酸构成的一条肽链,形成80-1=79个肽键,脱去79个水 所以该蛋白质相对分子质量=氨基酸×80-水×79 20种氨基酸平均相对分子质量是128,水相对分子质量为18.带进去 蛋白质相对分子质量=128×80-18×79=8818 二硫键 disulfide bond又称S－S 　　是2个SH基被氧化而形成的—S—S—形式的硫原子间的键。在生物化学的领域中，通常系指在肽和蛋白质分子中的半胱氨酸残基中的键。此键在蛋白质分子的立体结构形成上起着一定的重要作用。为了确定蛋白质的一级结构，首先必须将二硫键打开，使成为线状多肽链。为此，需要在2-巯-乙醇、二硫苏糖类、巯基乙酸等的硫化合物与尿素那样的变性剂同时存在下使之发生作用，使还原成SH基（为了防止再氧化通常用适当的SH试剂将该基团烷基化）或是在过甲酸的氧化作用下衍生成-SO3H基或是采用在氧化剂共存下用亚硫酸的作用诱导成-S-SO3H基的方法。 功能 　　二硫键与蛋白质高级结构的生物活性有关同时与蛋白质的复性也有关联。如核糖核酸酶A经巯基乙醇（还原剂）和尿素（蛋白质变性剂）处理后，发生变性作用，4对二硫键断裂，多肽链伸展开来，高级结构发生变化，失去生物活性。如果用透析法将大量还原剂和变性剂除去，在微量还原剂存在下，4对二硫键在原来的位置重新形成，伸展开的多太肽链会自发折叠成天然构象，生物活性得到恢复。次试验也证明蛋白质高级结构的信息存在于一级结构中。 对蛋白质家族（family)和蛋白质超家族(superfamily)的定义并不明确，一般把具有同源性结构域及序列，进化上相关的，功能相同的蛋白质归在同一个家族，蛋白质家族常常是基因家族的同义词。? Margaret O. Dayhoff 于1974年首先提出蛋白质超家族的概念（ protein superfamily），并定义为一组进化上相关的蛋白（a group of evolutionarily related proteins），实际上只要功能与结构相似就可以。此后 PIR国际蛋白质数据库（PIR-International Protein Sequence Database）对蛋白质进行超家族分类。 到1990年超家族（superfamily）成为常用术语，但是从来没有精确的定义。 有的数据库把有结构与功能联系的数个家族可以归为蛋白质超家族，下含数个亚家族（subfamily)。也有把成员众多的家族称为“超家族” * 1，鸡蛋和羊毛水中溶解度比较 2，同源性 * 羊毛和真丝弹性比较 * ？？？ * 详见下学期蛋白质生物合成 （三）?-折叠使多肽链形成片层结构 β-折叠 较为伸展,酰胺平面以锯齿状排列 两个片段可以是平行或反平行 AA间距 平行 0.65nm 反平行 0.67nm 只有片段间氢键,无片段内氢键 AA的侧链伸向锯齿状结构的外侧 小侧链的AA有利于β-折叠的生成 反平行β折叠 平行β折叠 （四） ? -转角和无规卷曲在蛋白质分子中普遍存在 ?-转角 无规卷曲是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。 ⑴ 主链骨架本身以大约180°回折； ?⑵ 回折部分通常由4个氨基酸残基构成； ?⑶ 构象依靠第一残基的-CO基与第四残基的-NH基之间形成氢键 来维系。 （五）模体是蛋白质的超二级结构 在许多蛋白质分子中，可发现二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，并发挥专一的功能 ，被称为模体(motif)。 超二级结构：2个或2个以上二级结构组合， αα，βαβ，ββ 模体(motif)： 数个至数十个AA组成的具有自身相对独立构象和功能的小区域，模体可构成结构域，也可独立存在。 DNA结合蛋白中的锌指模体（αββ组合） 钙调素中的EF 手型模体（αα-螺旋组合） 转录因子MyoD的螺旋-环-螺旋模体 DNA结合蛋白中的同源异型模体 模体与功能 相同的模体表现出相同的功能，因此，不同蛋白质只要有部分相似功能就可能具有相似的模体。 具有不同功能的蛋白质其模体不同，即使是同一类蛋白质也表现出不同的性质。 （六）氨基酸残基的侧链可影响二级结构的形成 蛋白质二级结构是以一级结构为基础的。一段肽链其氨基酸残基的侧链适合形成?-螺旋或β-折叠，它就会出现相应的二级结构。 这是氨基酸残基的侧链的相互作用可稳定或去稳定相应的二级结构的原因。 一段肽链有多