统生物学方法山东第四讲第三篇2.ppt

* * * * * * * * * * * * * * 等式的右边（中间）部分不包含参量。这意味着，施加扰动时控制系数并不依赖于特定的参量选择，而是依赖于由化学计量阵N表征的网络结构，以及由非归一化弹性系数阵表征的单个反应的动力学特性。 将式： 对参量向量p求导，可得： 计算归一化控制系数得△： 利用这些等式可以很容易地对控制系数进行数值或分析计算。它们也适合于MCA定理的推导证明。 如果反应系统包含守恒关系，我们将消掉某些的因变量。该情况下非归一化系数为： 例 速率方程 ： 稳态条件： 解出： 化学计量阵为N=(1，-1)，以及非归一化弹性系数为： 将这些表达式代入△式后可得： 表明流控制系数为： 浓度控制系数有： 例、为了研究控制分布的含义，下面分析无分支通路中的控制模式： 该通路具有线性动力学参量 ： 计算稳态流和流控制系数的的解析表达式得： 假设所有反应都具有同样的个体动力学参量，平衡常数也相等，即：此种情况下两个并发的流控制系数的比值为： 此种情况下两个并发的流控制系数的比值为： 因此，前面反应的控制系数大于后续反应的，或者说，反应链开始时的流控制系数高于结束时的。这也与经常观察到的结果一致——流控制驻留于一个无分支反应通路的上游部分。 假定这些单个速率常数可能不相同但所有平衡常数都为1，即： 此时以弛豫时间 作为对酶反应速率的度量。流控制系数可表示为： 由于所有的酶都具有弛豫时间，因此均参与控制。不存在任何一种酶具有完全控制权或能单独决定相关通路的流。第二，具有较长弛豫时间的慢反应酶一般会比具有较短弛豫时间的快反应酶发挥的控制影响更大。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1）.准稳态近似 考虑一个复杂系统的进程，如一个反应网络。如果某种代谢物参与一个非常快的进程（与其他进程相比），它将很快达到稳态。在此转换期后，该代谢物的浓度S会被认为保持不变，即 由于这个变量仍被包括在复杂系统中，其状态被认为是准稳态。允许我们将S变化的微分方程替换成描述S如何依赖系统中其他变量的代数方程。 * 例、假定一条通路包含快和慢的反应： 有下列微分方程系统： 如果第二个反应是快反应，即 ，我们可以假设 达到准稳态： 这使得我们能够计算S1的浓度和化简微分方程系统。现在它只包含一个微分方程和代数表达式： 快反应：k2 * 2）、准平衡态近似 假定一对耦合的快慢进程。该通路假定含有两种底物，它们能够迅速可逆地相互转换，如糖酵解中的己糖：葡萄糖-6-磷酸和果糖-6-磷酸。在短暂的转换期之后，它们的浓度达到平衡。用数学术语描述就是：某种底物浓度变化的微分方程能够被平衡态下浓度比的代数表达式所替代。由于两种底物仍被包括在更大的网络中，其状态仅被认为是准平衡态。 * 例、反应模式 用下面的微分方程系统描述： 转换过程远远快于其他反应，即 。在短暂的时间后，有： 这里 是第2个反应的平衡常数。 * 尽管有非零的流 通过第2个反应，该反应仍处于近平衡态。我们将 的浓度加合起来，有： 化简后的方程组由微分方程和一个代数方程组成： 用符号表示，该反应图可以简化为： 以上两种近似都是通过将一些常微分方程替换成代数方程的方式来减少数学模型中前者的数目。系统地运用这些近似可以得到所关注代谢通路的框架模型。这种框架模型能够保持一般模型的重要特征，但更易于分析和观察。 第三节、代谢控制分析 代谢控制分析（MCA）是对细胞系统的控制和调节进行理论和实验的定性和定量分析的有力工具。主要研究代谢网络稳态特性和单个反应特性之间的关系，即网络稳态对于局部反应参量小变化的敏感性。 代谢系统的模型是一个复杂网络，不仅表现在其静态网络结构上，而且由于各类反馈和共底物作用，发生远程相互作用，使得动力学特征和控制极其复杂。特别是以下问题推动了MCA的发展：单步反应对于稳态与控制的影响、预测？是否存在有限步控制？哪些效应物对系统发生主要影响？对于代谢紊乱时应该调整哪些反应能够恢复而对整体影响比较小？ 代谢网络中，流量以及代谢物浓度等稳态变量由：酶浓度、动力学常数（例如酶反应常数）、以及其他参数控制。通常这类关联是非线性的。但是如果假设参数小的改变，那么对于参数，系统是线性的。迄今为止，还没有大参数的理论。 代谢网络的动力学分析和复杂网络的关系？ 网络结构是影响代谢的稳定与可控的主要因素。 1.