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中国微生物组计划 China Microbiome Initiatives 关于中国微生物组 数据中心建设的思考* 1 2 3 3 1 马俊才 赵方庆 苏晓泉 徐 健 吴林寰 1 中国科学院微生物研究所 北京 100101 1 v 2 中国科学院北京生命科学研究院 北京 100101 4 3 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 青岛 266101 8 3 0 摘要 近年来，美国、欧盟都陆续启动了微生物组相关的研究项目。但微生物组大数据的收 0 . 3 集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物组发展的核心问题。文章分析了我国目 0 前在微生物组数据管理中存在着标准不统一、缺乏跨领域的数据整合、高质量的参考数据 7 1 库和数据的深度挖掘技术等问题，提出适时启动“中国微生物组”计划，建立中国微生物 0 2 组数据中心，在微生物组数据标准化的基础上，建立微生物组大数据计算、存储和共享平 : v 台，开发微生物组大数据挖掘的新方法，实现我国微生物组数据资源的系统管理和高效利 i X 用。 a n 关键词 微生物组，标准化，大数据，中国微生物组数据中心 i h c DOI 10.16418/j.issn.1000-3045.2017.03.010 微生物组（Microbiome ）是指一个特定环境中的总的微生物群落，通过在一定环境空 间的相互作用和平衡，形成了相对稳定的生态环境并具有一定的生理功能。长期以来，微 生物群落被认为在营养代谢、污染物降解、维持动植物和人体生态系统平衡中发挥着关键 作用，然而，对其中的作用机制并不清楚。高通量测序技术的广泛应用，为在群落水平上 研究微生物的功能和作用机制开辟了新的思路，使得我们能够从全基因组角度研究自然和 人体环境样品中微生物的组成和功能，为我们寻找新基因、开发新的生物活性物质、研究 环境中微生物多样性和进化提供了重要手段，也使得这一领域迅速成为研究热点。海量测 *资助项目：国家“863”计 序数据的产生，使得微生物组学成了一门真正的大数据科学。以人体微生物组为例，它包 划（2015AA020108 ） 含了数万亿个细胞，占人体总细胞的 90% 以上，涵盖上千个物种，至少 2 000 万个独特的 修改稿收到日期：2017年2 月25 日 微生物基因，其数目远远超过人的基因数目（大约 2 万至 2.5 万个基因[1] ）。人类微生物 . . 290 2017年 第32卷 第 3 期 关于中国微生物组数据中心建设的思考 组项目（Human Microbiome Project, HMP ）自 2008 年 人体微生物组，也仍然有将近一半预测的开放阅读框架 启动至 2012 年第一阶段结束期间，共完成 5 177 个 16S （Open Reading Frame, ORF ）无法找到相应的相似