第11章+基因组与比较基因组学.ppt

* 第十一章　 基因组与比较基因组学 人类基因组计划 比较基因组学及功能基因组研究 生物信息学 主要内容 20世纪人类科技发展史上的三大创举 90年代人类基因组计划 40年代第一颗原子弹爆炸 60年代人类首次登上月球 基因组（genome） 基因组学（genomics） 宏基因组（metagenome） 宏基因组学（metagenomics） 结构基因组学 （structural genomics） 功能基因组学 （functional genomics) 1 人类基因组计划 1.1 人类基因组计划的启动 1986年诺贝尔奖获得者R. Dulbecco（杜尔贝科）提出人类基因组计划(human genome project, HGP)——测出人类全套基因组的DNA碱基序列。 美国政府决定于1990年正式启动HGP，预计用15年时间，投入30亿美元，完成HGP。（由国立卫生研究院和能源部共同组成“人类基因组研究所”） 逐渐地，HGP扩展为多国协作计划。参与者包括英、日、法、德和中国（1993年）。 人类基因组计划的进展状况 （1）截至1998年10月，完成 1.8×108bp，占计划的6%。 （2）完成一系列模式生物全基因组测定。 2000.6完成并公布人类基因组工作框架图(90%)。 2000年06月26日克林顿宣布： 人类基因组草图绘制完成。 2000年6月公共领域测序计划工作框架图 2001年2月16日，人类基因组“精细图”完成，(99%)。同时论文发表在(美国) Science （Vol. 291, No. 5507）和 (英国) Nature（Vol.409, p.860） 2003年4月14日，人类基因组序列图亦称“完成图”（99.99%），提前绘制成功。 截至2007年01月，全球已启动2,296个基因组项目，其中607个已经完成。 人类基因组 人类蛋白质 61%与果蝇同源 43%与线虫同源 46%与酵母同源 人类基因组草图基本信息 由31.65亿bp组成 含3～3.5万基因 与蛋白质合成有关 的基因 1.2 人类基因组计划的科学意义 （1）定位基因编码序列。研究基因的产物及其功能。 （2）定位调控序列。 （3）研究不同序列在DNA复制、基因表达调控中的作用。 （4）研究空间结构对基因表达调控的作用。 （5）寻找与DNA复制、重组等有关的序列。将对研究人类基因组的遗传与进化提供重要的结构上的依据。 （6）研究DNA突变与疾病。将为有关疾病的诊断、预防和治疗提供理论依据。 （7）研究转座子序列。了解有关病毒基因组侵染人类基因组后的影响，可指导人类有效地利用病毒载体进行基因治疗。 （8）研究DNA的多态性。用于基因诊断、司法鉴定、发育和进化等研究。 遗传图、转录图 1.3 HGP的主要任务 遗传图谱 转录图谱 0.7 cM 或 kb 序列图谱 物理图谱 100 kb STS map 物理图、序列图 （1）遗传图（genetic map), 连锁图(linkage map)：基因或DNA标记在染色体上的相对位置与遗传距离。 （基因在染色体上的分布图） （2）物理图：以已知核苷酸序列的DNA片段（序列标签位点，sequence-tagged site, STS）为“路标”，以碱基对作为基本测量单位（图距）的基因组图。（已知序列在染色体上的分布图） （3）转录图（cDNA片段图，表达序列标签图）：以表达序列标签EST为标记，根据转录顺序的位置和距离绘制的图谱。（EST在染色体上的分布图） EST（expressed sequence tag，表达序列标签）：通过从cDNA文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分cDNA的5ˊ或3ˊ端序列，即称为表达序列标签，一般长300-500bp左右。 （4）序列图（分子水平的物理图）：指整个基因组的核苷酸序列图，也是最详尽的物理图。（既包括可转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的总和） 2 比较基因组学及功能基因组学研究 2.1 比较基因组学(Comparative Genomics) 概念：是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，以了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 15 99-93 83 2654 2001 人类全基因组(Celera Sequence) 12 90 84 2693 2001 人类全基因组(Public Sequence) 16 97 70 34 1999 人类第22染色体 7 100 75 34 2000 人类第21染色体 221 100 92 115