CN106967801-CN201710192464-一种人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 106967801 A (43)申请公布日 2017.07.21 (21)申请号 201710192464.0 (22)申请日 2017.03.28 (71)申请人 华子昂 地址 116000 辽宁省大连市经济技术开发 区天安海景花园7号1-6-2 (72)发明人 华子昂　万君兴　王翠芳　万金营　 孙宁　竹添　钭理强　 (74)专利代理机构 银川长征知识产权代理事务 所 64102 代理人 陈晓庆 (51)Int.Cl. C12Q 1/68(2006.01) 权利要求书1页 说明书8页 附图2页 (54)发明名称 一种人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法 (57)摘要 本发明公开了一种人类HLA区域基因拷贝数 变异检测方法，该方法首先采集人的组织、血液 或 其 他 体 液 基因 组 作为 样品 ，将 样品 与 CytoscanHD芯片进行杂交，杂交完成后对芯片进 行洗涤，然后在GCD3000系统的数据收集系统中 进行数据收集，生成CEL文件；然后将CEL文件输 入CHAS软件进行初级质控，将质控合格的芯片生 成的Cychp文件导入CHAS软件，根据拷贝数特征、 marker数量以及CNV gain和CNV loss片段大小 三个指标筛选出目的marker。本发明运用 CytoscanHD芯片精确检测拷贝数变异的能力和 结合CHAS软件直观且简化的分析流程，并通过对 A CHAS软件区间的特定设置，大大提高了检测HLA 1 区域拷贝数变异的准确率，得到的数据更加可 0 8 7 靠、真实，为预防习惯性流产和产前诊断得到了 6 9 6 重要的保障。 0 1 N C CN 106967801 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于： 包括如下步骤： (1)采集人的组织、血液或其他体液基因组作为样品，将样品与CytoscanHD芯片进行杂 交，杂交完成后对芯片进行洗涤，然后在GCD3000系统的数据收集系统中进行数据收集，生 成CEL文件； (2)将CEL文件输入CHAS软件进行初级质控，将质控合格的芯片生成的Cychp文件导入 CHAS软件，根据拷贝数特征、marker数量以及CNV gain和CNV  loss片段大小三个指标筛选 出目的marker。 2.根据权利要求1所述的人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于：步骤(1) 中所述采集的样品与CytoscanHD芯片进行杂交之前经过标本采集、外周血基因组提取、DNA 浓度与纯度测定和琼脂糖凝胶电泳质检基因组DNA获得质控良好的基因组DNA。 3.根据权利要求2所述的人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于：所述获 得的质控良好的基因组DNA的浓度介于50～100ng/ul，且纯度介于1.8～2.0。 4.根据权利要求2或3所述的人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于：所述 获得的质控良好的基因组DNA经过酶切、连接、扩增、片段化并进行标记后，将通过质控的 DNA与芯片进行杂交。 5.根据权利要求4所述的人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于：所述质 控的DNA与芯片进行杂交的条件为50℃60r/min，杂交时间为16～18h。 6.根据权利要求1所述的人类HLA区域基因拷贝数变异检测方法，其特征在于：步骤(2) 中所述导入CHAS软件的CNV片段大小以及marker数报告阈值设置为全