第6章_翻译后过程.pptVIP

* 一、蛋白质组学是基因组和药物发现之间的桥梁 数年前，制药机构开始投入巨大的财力物力研究人类基因组，希望最终能发现新的药物作用靶点并据此设计和发展新药，这些努力促进了人类基因组序列的完成。但仅仅通过测定基因序列并不能确定药物作用的靶点，因为基因序列不能反映蛋白的功能及其与疾病的关系，另一方面蛋白质也远比核酸复杂，有几点足以说明这个问题：（1）与DNA的修饰不同，蛋白质的修饰有磷酸化、糖基化、乙酰化、巯基化等以及大量的其它修饰方式；（2）一个基因能编码多个不同的蛋白；（3）蛋白在细胞内的定位可以改变；（4）蛋白对环境的变化也会产生反应，如裂解为片段，调整其稳定性以及改变与其它物质的结合等（ 包括与其它的其它配体结合））；（5）mRNA水平常常不反映蛋白表达的水平，而且即使存在一个开放阅读框架也不能保证只代表一个蛋白；（6）一个蛋白可能涉及一个 以上的过程，而相似的功能可能由不同的蛋白来执行。因此，可以说只有完全注释了基因组序列所编码蛋白的功能之后，基因组序列信息才有真正的价值。 1993年，悉尼的maquarie大学的marc wilkins和keith williams 首先提出“ 蛋白质组”的概念，并将其定义为系统鉴定基因组所互补的全部蛋白质， 或功能地注释全部基因组。本世纪蛋白质组所面临的挑战是巨大的，因为现在有约70% 的蛋白未阐明功能。蛋白质蛋白质组学研究不仅可能提供治疗的靶点，也可能提高药物发现的下游过程的效率，如结构蛋白质组提供的蛋白质的三维结构将促进药物的设计和发现过程。应该说蛋白质组学是基因组和药物发现 之间的桥梁。二、药物蛋白质组学的定义药物蛋白质学研究的内容，在临床前应包括：发现所有可能的药物作用靶点，以及针对这些靶点的全部可能的化合物（有人称此为化学基因组学（chemogenomics）），也应包括应用蛋白质组学方法研究药物作用机制和毒理学；在临床研究方面应包括：药物作用的特异蛋白作为患者选择有效药物的依据和临床诊断的标志物，或以蛋白质谱的差异将患者分类并给予个体化治疗。 类似于基因组和蛋白质组，药物蛋白质组的成功将不仅需要综合的技术和计算机的发展，而且也将需要药物发现过程在制药工业中发生根本的变化。朝向这个目标的任何研究进展都将可能产生大量的、可专利的药物分子。三、蛋白质组学及其技术：发现药物作用的可能靶点 利用蛋白质组学技术，研究疾病状态下以及药物处理后蛋白的差异变化，可以发现新的、潜在的药物作用靶点。蛋白质组学是一个实验科学，需要大规模的定性和定量纯化的蛋白，蛋白质的纯化是药物蛋白质组学研究的基础。 （一）蛋白纯化是蛋白质组学研究的基础 (一) 蛋白纯化的质量控制对保证蛋白的纯度和结构的完整是重要的。大约有50%的蛋白不溶解，而且有不稳 定的结构，因此处理不当，用错误折叠的蛋白作生化研究和药理活性筛选将可能出现假阳性或假阴性的结果，不仅导致靶点鉴定的错误，而且也会浪费时间和精力，更为严重的是这些错误信息将可能污染数据库。一般说来，从事和熟悉分子生物学和基因组学方法的研究人员，常常忽略保证蛋白结构完整的蛋白纯化试剂的重要性。应该强调在保证实验研究的速度和效率的基础上，应重视基本的蛋白质结构和生物化学的稳定性。 （二）两维（2D）凝胶电泳技术是蛋白分离的主要手段 虽然人类有十余万个蛋白，但在任何特定的细胞类型中只有部分表达。为了发现和检测一个 蛋白与疾病过程的关系，了解蛋白在什么组织、细胞、亚细胞结构，以及何时，在什么范围内表达，需要直接测量蛋白的丰度变化，而不是仅仅通过DNA微阵列技术研究核酸水平的变化。有多种测定蛋白丰度变化的技术，最流行和通用的技术是电泳（包括一维和两维电泳）、结合色谱与质谱（MS）技术用这种方法，可有效地分离细胞提取物中的蛋白混合物，然后用肽质量指纹图谱法，鉴定每一个蛋白。由于蛋白质常与其共同作用的成分存在于细胞内，因此从细胞裂解后，完整的混合物中鉴定新蛋白常常有助于了解它们的生物学功能. 通过筛选小分子配体来描述新蛋白的功能，是化学蛋白质组学的主要研究内容，化学蛋白质组筛选也将提供新药开发的先导化合物。盲目筛选蛋白参与的生化或生理反应是不可行的，但筛选已知药理作用的小分子与新蛋白的结合，可能有助于了解蛋白的功能。一旦创造了小分子数据库，可以用于筛选家族中的多个靶。总之，利用基因家族方法可提高靶确认的效率，在相关靶中转化知识专利。 例如在信号转导过程中，大约有500个丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸蛋白激酶，具有同源序列，蛋白激酶家族不仅存在序列同源，而且在结构上也存在明显的同源性。化合物staurosporine，不仅能抑制丝氨酸/ 苏氨酸激酶和酪氨酸激酶，而且该化合物也可能作发现其它高特异抑制剂的一个原型药物.已经在激酶的同源模型上证实，简单地修饰staurosporine，可以增加